В монастыре Даниил отличился особым благочестием. Перед смертью преподобный Иосиф настоял, чтобы братия выбрала себе нового игумена. Монахи выбрали Даниила, который, видимо, к этому времени был уже в возрасте и способен принять игуменство. Свой выбор они мотивировали по определённым причинам:
И полюбиша въ совѣтѣ своемъ старца, любяй нищету и пребывая въ трудѣхъ и въ постѣ, и въ молитвахъ, и не любя празнословія, нарицаема Данила, по реклу Рязанца, о немъ же и увѣдаша, яко хощетъ во инъ монастырь на игуменство.[5].
Их выбор был одобрен преподобным Иосифом и Великим князем Василием III, который был ктитором обители.
Управляя Волоколамским монастырём, Даниил стремился следовать правилам, установленным преподобным Иосифом, в первую очередь в соблюдении общежительного устава. Чрезмерная строгость нового настоятеля, запретившего иметь личное имущество в кельях, в том числе книги и иконы, стала причиной конфликта с братией.
27 февраля 1522 года Даниил был поставлен на митрополичью кафедру по желанию государя[6], так как был готов способствовать разводу великого князя с бездетной первой женой Соломонией Сабуровой.
Отличался приверженностью и раболепием перед светскими властями и жестокостью. Преследовал Максима Грека, Вассиана Патрикеева и других нестяжателей, обвиняя их в ереси на Соборах 1525 и 1531 годов.
Составил свод русских летописей, был автором ряда богословских и назидательных сочинений. В малолетство Иоанна Грозного поддерживал его мать правительницу Елену Глинскую и её фаворита князя Ивана Телепнева, после падения которого, 2 февраля 1539 года, был низложен князьями Шуйскими и удалился на покой в Иосифо-Волоколамский монастырь.
Митрополит Даниил переработал ряд входивших в древнерусскую литературную традицию текстов философского и филологического характера, в том числе «Пролог» Иоанна Экзарха, «Определение философии» Константина-Кирилла, а также «Точное изложение православной веры, или Богословие» Иоанна Дамаскина[7].
Последние годы жизни Даниил провёл в Иосифо-Волоколамском монастыре. Драгоценным вкладом в этот монастырь могло быть принадлежавшее ему роскошное Четвероевангелие[8]. Рукопись начала XVI века[9] написана крупным торжественным полууставом и богато украшена четырьмя миниатюрами с изображениями евангелистов на золотом фоне и заставками и инициалами неовизантийского стиля, выполненными красками с применением золота.
Макарий (Веретенников), архим.Митрополит Даниил (1522—1539) // Митрополиты Древней Руси (X-XVI века). — М.: Изд-во Сретенского монастыря, 2016. — С. 958—1004. — 1256 с. — 1000 экз. — ISBN 978-5-7533-1099-6.
Даниил, митрополит Московский. Сочинения / Исследование, подготовка текстов и издание Л. И. Журовой. — М.: Индрик, 2020. — 848 с. — ISBN 978-5-91674-559-7.