С 26 марта 1818 года, по удалении в Новгород впавшего в опалу митрополита Амвросия (Подобедова), — митрополит Санкт-Петербургский, Эстляндский и Финляндский, священноархимандрит Александро-Невской лавры; по кончине того, с 25 июня того же года — одновременно и митрополит Новгородский (полный титул — митрополит Новгородский, Санкт-Петербургский, Эстляндский и Финляндский).
Скончался 24 марта 1821 года. Чин погребения его 29 марта в Александро-Невской лавре возглавил митрополит Грузинский Варлаам (Эристов) (тогда на покое, присутствующий в Синоде); похоронен был «в новостроющейся церкви, заложенной им самим во имя Святаго Духа, и на том месте, над коим назначено быть жертвеннику»[5].
Принадлежал к обществу «Теоретического градуса и внутреннего розенкрейцерского ордена»[6].
↑Придворный месяцеслов на лето от Рождества Христова 1805.
↑Черепенина Н. Ю., Шкаровский М. В. Православные храмы Санкт-Петербурга, 1917–1945 гг. / Гл. ред. Цветков С. В. — Рус.–Балт. информ. центр «Блиц», 1999. — С. 178. — 368 с. — 2000 экз. — ISBN 5-86789-025-2.
Кирко А. С. Жизнь и мистические взгляды митрополита Санкт-Петербургского и Новгородского Михаила (Десницкого) (1761—1821): историография вопроса // Труды Минской духовной академии. — 2021. — № 19. — С. 61—89.
Кирко А. С. Издание литературных трудов митрополита Санкт-Петербургского и Новгородского Михаила (Десницкого) (1761—1821): структурированный анализ // Труды Минской духовной академии. — 2022. — № 1 (20). — С. 71—114.
Кирко А. С. Учение о Таинстве брака в Катехизисе митрополита Михаила (Десницкого) (1761—1821) // Петровские образовательные чтения. Духовно-нравственные ценности молодёжи в российском обществе : Сборник научных трудов X Международной научно-практической конференции, Магнитогорск, 10-18 октября 2022 года / Под общей редакцией епископа Магнитогорского и Верхнеуральского Зосимы. — Магнитогорск: Магнитогорский государственный технический университет им. Г. И. Носова, 2022. — С. 368—371.
Список разбит по векам исходя из даты начала епископства. Курсивом выделены временно управляющие. Подчёркнуты имена епископов, одновременно управлявших Новгородской епархией.