С момента ввода субмарины в строй, её командиром был капитан-лейтенантГюнтер Прин. С начала Второй мировой войны подводная лодка принимала активное участие в боевых действиях на море, совершила 10 боевых походов. Экипажем лодки уничтожено 30 судов противника суммарным водоизмещением 162 769 брутто-регистровых тонн и британский линейный корабль «Ройял Оук» (водоизмещение 29 150 тонн), а также повреждены ещё 8 судов водоизмещением 62 751 тонна[2].
Схема маневрирования подводной лодки U 47 при проникновении на рейд бухты Скапа-Флоу через пролив Кирк-Саунд (маршрут синего цвета), двух торпедных атаках линкора «Ройял Оук» с временным интервалом (фиолетовый цвет), отходе из бухты и выходе через пролив в открытое море (красный цвет)бык Скапа-Флоу
Ударить британский флот в его самой надёжной гавани немецкие подводники пытались ещё во время Первой мировой войны, но тогда попытки не удались. У Дёница возникло желание снова попробовать осуществить этот замысел. Вызвав молодого командира Прина, командующий подводными силами объяснил задачу: проникновение на рейд британской базы флота и потопление возможно большего количества кораблей, дав несколько дней на ответ, сомневаясь не столько в желании Прина, сколько в реальности осуществления операции. Прин согласился практически сразу и в течение последующих дней с использованием данных аэрофотосъёмки им был составлен план проникновения лодки в гавань. Члены экипажа узнали о цели похода только в открытом море и восприняли боевую задачу с большим энтузиазмом.
Проникшая в гавань U-47 не была обнаружена, но подводников ожидало разочарование, так как рейд был почти пуст. Первая торпедная атака закончилась неудачно, только одна торпеда задела нос линкора, нанеся некритические повреждения подводной части. Лодка отошла, ожидая противостояния. Однако на «Ройял Оуке» хотя и слышали взрыв, но приписали его авианалёту на гавань и тревогу не подняли. После перезарядки торпедных аппаратов U-47 снова подошла к линкору, на этот раз ближе, и дала повторный залп, завершившийся гибелью линкора, и затем полным ходом в надводном положении покинула гавань.
Экипаж
Кроме ставшего кавалером Рыцарского креста командира лодки Гюнтера Прина в экипаж U-47 в походе в Скапа-Флоу входили старпом Энгельберт Эндрасс, затем командовавший U-46 и U-567, а вторым помощником был лейтенант Амелунг фон Варендорф, ставший впоследствии командиром U-213.
До настоящего времени обстоятельства гибели лодки неизвестны. Ранее предполагалось, что она была потоплена глубинными бомбами английского эсминца HMS Wolverine. Однако, как выяснилось, эсминцем HMS Wolverine была атакована другая подводная лодка — U-AГанса Экерманна. Также вероятными причинами гибели U-47 считаются повреждения от глубинных бомб, неисправность торпед или же атака английскими корветами HMS Camellia и HMS Arbutus.
