С началом Первой мировой войны, в сентябре 1914 вместе с М. А. Кедровым направлен в качестве наблюдателя на британский флот[2], в начале 1915 находился на Средиземном море. В 1915—1916 годах командовал эсминцем «Казанец».
В 1917—1918 гг. — начальник морского отдела Русского заготовительного комитета в США, с прикомандированием к русскому посольству в Вашингтоне. С 20 ноября 1918 — управляющий морским министерством в Российском государстве. Тогда же произведён А. В. Колчаком, Верховным главнокомандующим Русской армии в чин контр-адмирала. Командовал речной флотилией на Каме.
Д.Н. Федотов-Уайт, служивший со Смирновым на Каме, в своих мемуарах вспоминает такой случай:
Стоял чудесный летний вечер, живописные берега Камы утопали в зелени. Мы с адмиралом сидели в застекленной рубке за чаем и смотрели на проплывавший мимо пейзаж.
Внезапно на холме справа в двух верстах вглубь берега я заметил двойную вспышку. Опыт войны на реках подсказал мне, что по нам открыла огонь двухорудийная батарея, о чем я сообщил Смирнову.
- Тебе показалось. Они не могли так быстро достичь реки, даже если допустить, что армейские сведения о собственном положении были предельно оптимистичны.
И, прежде чем он успел это договорить, снаряд ударил в корму буксира, и раздался оглушительный взрыв.
Смирнов даже глазом не моргнул.
- Тебе сколько сахара, один или два? – спросил он непринужденно.
В этот момент второй снаряд вывел из строя наше радио. В рубку со спасательными жилетами в руках ворвался вестовой и громко закричал:
- Мы погибли! Надо спасаться! Хватайте жилеты!
Смирнов бросил жилеты под стол и велел вестовому убираться к черту. К счастью, река в этом месте делала поворот, и деревья, по-видимому, скрыли нас из виду, потому что снаряды стали ложиться мимо цели.
— Д.Н. Федотов-Уайт. Пережитое. Война и революция в России. Перевод с англ. А. Дементьев. М., Издание книжного магазина «Циолковский», 2018 г.
В эмиграции жил в Англии. Посвящён в «Гренадерской» ложе в Лондоне, в 1926—1928 годах входил в «Кружок русских масонов» в Лондоне[3].
Оказывал помощь семье Колчака, помог его сыну получить высшее образование. В 1930 году издал в Париже небольшую книгу «Адмирал Александр Васильевич Колчак (Краткий биографический очерк)» (переиздана в Москве в 1992).
Командуя Речной Боевой флотилией, состоящей из 5-ти боевых кораблей и прикрывая переправу наших войск через р.р. Белую и Каму у Пьяного Бора, Николо-Березовки с 28-го мая по 2-е июня 1919 года и обеспечивая эвакуацию г. Сарапула и ведя бой с неприятельской артиллерией и пехотой, расположенных на берегу и имевших целью отрезать флотилию от наших сил, он, Контр-Адмирал Михаил Смирнов, умелым и энергичным действием прорвал блокаду неприятеля, чем и обеспечил, как самую переправу, так и свободу дальнейших действий наших сухопутных войск
↑Емелин А. Ю. Научно-технические аспекты взаимодействия русского и британского флотов. 1914—1917 гг. // Военно-исторический журнал. — 2007. — № 7. — С.44.
Лазарев С. Е. Смирнов Михаил Иванович // Россия в Гражданской войне. 1918—1922: Энциклопедия: в 3 т. / отв. ред. А. К. Сорокин. Т. 3: Р—Я. М.: Политическая энциклопедия, 2021. С. 235—236.