Во взрослом футболе дебютировал в 1989 году за клуб «Розендал», за два сезона сыграв в 69 матчах чемпионата Нидерландов.
Своей игрой привлёк внимание тренерского штаба НАК Бреда, присоединившись к команде в 1991 году. За 4 года стал лидером атак и одним из лучших бомбардиров клуба, показывая среднюю результативность 0,7 мяча за игру.
С 1995 по 2006 год сменил ряд клубов, нигде не проводя более 2 сезонов.
В 2002 году в составе «Фейеноорда» выиграл Кубок УЕФА, был признан футболистом года в Нидерландах. Стал известен мастерским исполнением штрафных ударов.
Завершил профессиональную карьеру в 2007, выступая за «Фейеноорд».
Выступления за сборную
Первый официальный матч за сборную Нидерландов провёл 14 декабря 1994 года против сборной Люксембурга (победа голландцев 5:0), последний — против Андорры, завершившийся со счётом 3:0 в пользу «оранжевых». В форме национальной сборной сыграл в 46 матчах, отметившись 14 голами.
Принимал участие в чемпионате мира 1998 года во Франции, чемпионатах Европы 2000 года в Бельгии и Нидерландах и 2004 года в Португалии.
В мае 2008 года Хойдонк стал жертвой мошенников, лишившись почти 2,5 млн. евро: ему предлагали вложиться в китайскую текстильную компанию, которой не существовало[7].