Aceste alegeri au antrenat imperiul în conflictul dintre Anglia și Regatul Franței, Filip fiind susținut de Regele Franței. În urma înfrângerii Angliei, Otto și-a pierdut ajutorul acesteia și rând pe rând majoritatea aliaților săi au trecut de partea lui Filip. În 1208 Filip este ucis, iar Otto se împacă cu familia acestuia, logodindu-se cu fiica acestuia Beatrice. În noiembrie 1208 este confirmat de către toți principii electori, iar în octombrie 1209 este încoronat împărat.
În ciuda promisiunilor anterioare, odată ajuns împărat, încearcă să întărească puterea imperială în detrimentul puterii papale. Pentru aceasta, intră în conflict cu papalitatea fiind excomunicat în 1210. În 1211 încearcă să cucerească Regatul Siciliei condus de Frederic, fiul fostului împărat Henric VI. Acesta, sprijinit de Papă și de regele Franței, este ales de o serie de provincii germane rege al Germaniei, iar Otto este nevoit să revină în Germania pentru a rezolva situația. După decesul soției sale Beatrice, în vara anului 1212, majoritatea aliaților îl părăsesc în favoarea lui Frederic. Acesta nu reușește să îl învingă decisiv pe Otto decât în 1214 în Bătălia de la Bouvines, Otto fiind obligat să abdice și să se retragă în posesiunile sale private din Braunschweig unde a murit în 1218.
.svg)
