Fratele său a fost Carol Quintul, căruia i-a urmat la tronul imperial. De asemenea, a fost nepotul împăratului Maximilian I, care a încheiat o înțelegere cu regele Ungariei și Boemiei, Vladislav al II-lea, prin care Ferdinand al II-lea s-a căsătorit cu fiica acestuia Anna, refuzând prin aceasta o căsătorie propusă de Ioan Zapolya.
Urcarea pe tron
După moartea împăratului romano-german Maximilian, cu toate împotrivirile fratelui său Carol Quintul, a moștenit principatele (Austriei, Tirolului). Prin faptul că nu cunoștea limba germană, a avut dificultăți cu populația Vienei, ceea ce a condus la executarea conducătorilor răzvrătiților din Viena, în frunte cu primarul Martin Siebenbürger.
Influența otomană
În anul 1526, după ce regele Ungariei, Ludovic al II-lea, moare în bătălia de la Mohács (1526), Ferdinand devine rege al Boemiei și Sileziei (1527). Nu reușește să ocupe tronul Ungariei, fiind în dispută cu Ioan Zapolya, care - cu ajutorul sultanului Soliman I (Magnificul) - este încoronat ca rege al Ungariei, vasală turcilor, care ocupa cetatea Buda (Budapesta), și mai târziu asediază fără succes Viena. În înțelegerea de la Oradea (1538) Ferdinand I îl recunoaște pe Ioan Zapolya ca rege al Ungariei. După moartea lui Ioan Zapolya (1540) fiul acestuia, Ioan Sigismund Zápolya, sub regența mamei sale Izabella și sprijinit de otomani, moștenește tronul. Prin aceasta Imperiul Otoman a reușit să-și extindă influența în vest și să frâneze expansiunea austriacă reprezentată de Ferdinand, care în 1531 este recunoscut de adunarea nobililor din Köln ca rege german. În Boemia, în bătălia de la Mühlberg (1547), Ferdinand a înnăbușit o revoltă a protestanților. Mai târziu fiul lui Ferdinand, Maximilian al II-lea, simpatizează cu protestanții, ceea ce atrage după sine o serie de neînțelegeri. În 1556 Carol Quintul a renunțat la tron, astfel că Ferdinand a devenit împărat. Cu toate că a fost un catolic convins, a recunoscut din timp influența tot mai puternică a protestanților, pe care i-a tolerat. Omul său de încredere în Transilvania și Ungaria a fost Peter Haller, primarul Sibiului.
Copii
Elisabeta de Austria (9 iulie 1526 - 15 iunie 1545); în 1543 s-a căsătorit cu viitorul rege Sigismund al II-lea Augustus al Poloniei și Lituaniei.
Maria de Austria (15 mai 1531 - 11 decembrie 1581); căsătorită cu Wilhelm, Duce de Jülich-Cleves-Berg.
Magdalena de Austria (14 august 1532 - 10 septembrie 1590); călugăriță.
Caterina de Austria (15 septembrie 1533 - 28 februarie 1572); în 1553 s-a căsătorit cu fostul ei cumnat, regele Sigismund II Augustus al Poloniei și Mare Duce de Lituania.
Eleonora de Austria (2 noiembrie 1534 - 5 august 1594); căsătorită cu Wilhelm I, Duce de Mantua.
Margareta de Austria (16 februarie 1536 - 12 martie 1567); călugăriță.
Johann de Austria (10 aprilie 1538 - 20 martie 1539); a murit în copilărie.
Barbara de Austria (30 aprilie 1539 - 19 septembrie 1572); căsătorită cu Alfonso II d'Este.
^Habsburg, Ferdinand I. (deutscher Kaiser) (BLKÖ)[*][[Habsburg, Ferdinand I. (deutscher Kaiser) (BLKÖ) (entry in the Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich (vol. 6, p. 181))|]]Verificați valoarea |titlelink= (ajutor)
Prințul Moștenitor Otto •Arhiducele Robert*** •Arhiducele Felix •Arhiducele Carl Ludwig •Arhiducele Rudolf • Arhiducele Ferdinand Karl • Arhiducele Heinrich Maria •Arhiducele Leopold Franz** • Arhiducele Guntram** • Arhiducele Radbot** • Arhiducele Johann** • Arhiducele Georg** •Arhiducele Ștefan** •Arhiducele Dominic** • Arhiducele Friederich Salvator** • Arhiducele Andreas Salvator** • Arhiducele Markus** • Arhiducele Johann** • Arhiducele Michael** • Arhiducele Franz Salvator** • Arhiducele Karl Salvator** • Arhiducele Joseph Karl • Arhiducele Andreas Agustinus • Arhiducele Nicholas Franz • Arhiducele Johann Jacob • Arhiducele Edward Karl • Arhiducele Paul Rudolf
Generația 18
Arhiducele Karl •Arhiducele Georg •Arhiducele Lorenz*** • Arhiducele Gerhard*** • Arhiducele Martin*** • Arhiducele Karl Filipp • Arhiducele Raimund Joseph • Arhiducele Itsván • Arhiducele Rudolf •Arhiducele Carl Christian • Arhiducele Karl Peter •Arhiducele Simeon • Arhiducele Johannes • Arhiducele Maximilian Heinrich • Arhiducele Filipp Joachim • Arhiducele Ferdinand Karl • Arhiducele Konrad •Arhiducele Sigismund** • Arhiducele Georg** • Arhiducele Guntram** • Arhiducele Leopold** • Arhiducele Alexander Salvator** • Arhiducele Thaddäus Salvator** • Arhiducele Casimir Salvator** • Arhiducele Matthias** • Arhiducele Johannes** • Arhiducele Bernhard** • Arhiducele Benedikt • Arhiducele Joseph Albrecht • Arhiducele Paul Leo • Arhiducele Friedrich Cyprian • Arhiducele Benedikt Alexander • Arhiducele Nicolás • Arhiducele Santiago • Arhiducele Paul Benedikt
Generația 19
Arhiducele Ferdinand Zvonimir • Arhiducele Karl Konstantin •Arhiducele Amedeo*** •Arhiducele Joachim*** • Arhiducele Bartholomaeus*** • Arhiducele Emmanuel*** • Arhiducele Luigi*** • Arhiducele Felix Carl • Arhiducele Andreas Franz • Arhiducele Paul Johannes • Arhiducele Carl Christian • Arhiducele Johannes • Arhiducele Thomas • Arhiducele Franz Ludwig • Arhiducele Michael • Arhiducele Joseph • Arhiducele Imre • Arhiducele Imre • Arhiducele Christoph • Arhiducele Alexander • Arhiducele Lorenz Carl • Arhiducele Wilhelm • Arhiducele Johannes • Arhiducele Ludwig • Arhiducele Filipp • Arhiducele Nicholas • Arhiducele Constantin • Arhiducele Jacob Maximilian • Arhiducele Leopold Amedeo** • Arhiducele Maximilian** • Arhiducele Leopold** • Arhiducele Constantin Salvator** • Arhiducele Paul Salvator**
*de asemenea infante al Spaniei **de asemenea prinț de Toscana ***de asemenea prinț de Modena