În legătură cu originea sa, Ion Caioni însuși notează: „Natus valachus sum” („M-am născut român”). Este și compozitor, în condițiile în care până relativ recent a fost considerat doar culegător de muzică. Caioni a avut o contribuție însemnată (dar nu unică) la întocmirea codicelui care îi poartă numele, Codex Caioni.
În privința variantelor numelui său, în epocă s-a folosit grafia cu inițiala „K”, astfel: Joannes Kajoni. În timp ce versiunea latinizată este cea mai răspândită astăzi între cercetătorii străini (Caioni), în România și Ungaria se folosesc îndeosebi variantele reconstituite la nivelul limbii actuale (neconfirmate în epocă): Ioan Caioni și Kájoni János.
Ioan Caioni a murit în data de 25 aprilie 1687, în localitatea Lăzarea, (în județul Harghita) . A fost înmormântat în cimitirul mănăstirii franciscane, într-o groapă neînsemnată, conform dorinței sale.
„Am vrut să-mi slujesc draga mea țară și să dau posibilitate cu munca mea să se aducă laude necontenite lui Dumnezeu și din partea altora.”
—Ioan Caioni – Cantionale Catolicum''
Lucrarea s-a bucurat de apreciere mare, așa încât a fost retipărită de trei ori (în 1719, 1805 și 1806).
Tipografia fondată de Caioni s-a dovedit a fi avut mare însemnătate pentru catolicii din Ținutul Secuiesc și Moldova. Prima carte tipărită aici a fost „Cantionale catholicum” (1676). După trei ani, se primește aprobarea pentru tipărirea manualelor școlare. Un preot de rang înalt din Polonia va lăuda manualele tipărite sub îndrumarea lui Caioni. Mai târziu, în timpul Revoluției din 1848 s-a tipărit tot aici „Hadi lap” („Foaia oștirii”) și un număr de proclamații revoluționare (exemplare ale acestora pot fi văzute la muzeul amintit din Cluj).
Caioni a primit în 1652 o culegere realizată de profesorul său, Mátyás Seregély (adică, Matei din Șerdei) [2] , ca premiu pentru buna învățătură. Caioni o primește sub formă incompletă și va prelua sarcina adăugirii ei, activitate pe care o continuă până în 1671, la Lăzarea.
Codex Caioni cuprinde 346 de piese foarte variate, reflectând pe deplin interesele muzicale ale epocii (îndeosebi pe cele ale lumii orășenești). Pe lângă câteva dansuri transilvane (de interes pentru folcloriștii de mai târziu) și un număr mic de bucăți compuse de Caioni însuși, marea majoritate a pieselor notate în codice aparțin unor compozitori vestici de madrigale, motete, arii, dar și de piese instrumentale.
Ansamblul muzical XVIII-21 Le Baroque Nomade, condus de Jean-Christophe Frisch, a editat în 2008 un CDCodex Caioni (Arion), interpretând o selecție de opere compilate în codex.
Alte lucrări
Cantus Catolici (1676) - colecție de cântece bisericești
Organo Missale - litanii, slujbe, antifonii și alte cântece bisericești
Sacri Concentus - colecție de cântece bisericești scrise de diferite autori, în special de Lodovico Viadana
Himnarium - o colecție poezii religioase în limba latină și maghiară
Herbariu Maghiar - anexă la Ortus Sanitatis Venetiis (1511), o carte de botanică în limba latină. Sunt descrise efectele curative ale unor plante medicinale.
ABC-ul secuilor de odinioară - scrisul secuiesc (s-a pierdut)
Istoria Custodiei - glose temporane
Casă aurie - carte de rugăciuni și cântece pentru enoriași
Hortulus Devotionis (1669) - carte de rugăciuni scrisă de Caioni însuși
Acestora li se alătură manuscrise liturgice, predicații, adnotații ș.a.