A Secretaria dos Transportes Metropolitanos do Estado de São Paulo é a responsável pelas três empresas de transporte público do estado, a CMSP, a CPTM e a EMTU/SP. Juntas, essas empresas são responsáveis pelo transporte de cerca de 5,9 milhões de passageiros/dia.
Além de proporcionar mobilidade a qualquer cidadão, inclusive às pessoas com deficiência física, existe a preocupação com um ambiente mais saudável no transporte metro-ferroviário, um sistema que contribui para uma menor poluição atmosférica e proporciona aos cidadãos maior tempo livre e, à cidade, um menor congestionamento no trânsito.
O transporte metropolitano é, ainda, um caminho importante da cultura e da cidadania. Nos trens, ônibus, estações e terminais, o passageiro encontra obras de arte, exposições, performances, eventos culturais e participa de campanhas de saúde, educação e informação.
O sistema metrô-trem tem pontos de passagem livre entre Metrô e Trem e está integrado ao sistema de ônibus urbano do município de São Paulo, através do Bilhete Único, aceito nos dois sistemas. Há, ainda, integrações pontuais do sistema intermunicipal de ônibus com o sistema metrô-trem.
A principal característica visual da maioria dos trens, ônibus e vans do sistema metropolitano são as cores azul (predominante), com detalhes vermelho e cinza, além da faixa "Metropolitano" (em letras maiúsculas) com as mesmas cores.[carece de fontes?]
EMTU
A Empresa Metropolitana de Transportes Urbanos de São Paulo (EMTU/SP) é responsável pela expansão e operação do transporte de média e baixa capacidade nas regiões metropolitanas de São Paulo, Campinas, Vale do Paraíba e Litoral Norte, Baixada Santista e Sorocaba.
Atualmente, a EMTU-SP atende todos os 134 municípios das cinco regiões metropolitanas, somando 31 milhões de habitantes.[carece de fontes?]
Transporte sobre trilhos
A rede de transporte metropolitano sobre trilhos de São Paulo possui extensão total de 384,1 km,[1] com cerca de 230 km dentro dos limites da cidade de São Paulo. Transporta cerca de 8 milhões de passageiros por dia útil[2] e é operado por três empresas, sendo duas empresas estaduais: a CMSP, que opera as linhas 1, 2, 3 e 15; e CPTM, que opera as linhas 7, 10, 11, 12 e 13, além de três empresas privadas: ViaQuatro, que opera a Linha 4 desde a sua inauguração, em 2010, ViaMobilidade Linhas 5 e 17, que opera a Linha 5 desde 2018, e ViaMobilidade Linhas 8 e 9, que opera as linhas 8 e 9 desde 2022. O Trem Metropolitano se diferencia do Metrô de São Paulo por ter intervalos maiores entre os trens, por servir outros municípios da Região Metropolitana de São Paulo e alguns da Aglomeração Urbana de Jundiaí e por ter tráfego eventual de veículos de carga em algumas linhas.
As integrações entre metrô-ferrovia em São Paulo são gratuitas, com exceção das estações Tatuapé e Corinthians-Itaquera, cuja integração tarifária ocorre em horários específicos.
Aeroporto de Congonhas, é o segundo mais movimentado aeroporto do Brasil, localizado no distrito do Campo Belo, distante 8 km do marco zero da capital paulista.
Aeroporto Campo de Marte, localizado na zona norte da cidade de São Paulo, no bairro de Santana. Foi o primeiro terminal aeroportuário da cidade, sendo que hoje não conta mais com linhas comerciais regulares, predominando o tráfego de helicópteros e aviões de pequeno porte, a denominada aviação geral.