Mizuguchi trabalhou para a Sega de 1990 a 2003 e foi o responsável por jogos populares como Sega Rally Championship, Space Channel 5 e Rez. Seu último cargo na empresa foi como Chief Creative Officer no estúdio United Game Artists (também conhecido como UGA).
Em setembro de 2003, durante uma reestruturação interna da Sega, os membros da UGA foram realocados para o Sonic Team e no mês seguinte Mizuguchi anunciou que sairia da Sega em 10 de outubro de 2003. Citou como motivo a mudança na cultura empresarial depois da fusão da Sega com a Sammy e enxergava isso como um obstáculo para o que ele queria fazer[1]. Anunciou ainda que participaria como freelance em um jogo sem anunciar à época qual.
