Há em estoniano nove fonemas relativos às vogais simples — a e i o uõ [ɤ] ä [æ] ö [ø] ü [y] — os quais apresentam três durações distintas. Dessas, a simples e a longa são segmentalmente fonêmicas, sendo o terceiro nível de duração apenas suprassegmentalmente fonêmico, apresentando também com um contorno tonal distintivo. A ortografia estoniana distingue apenas as vogais curtas e as longas (denotadas por sua duplicação). Há ainda 19 ditongos (Hint 1978); e também são encontrados agrupamentos polissilábicos de vogais.
Frontais
Posteriores
Não arrendondas
Arredondadas
Não arredondadas
Arredondadas
Altas
i
ü
u
Mediais
e
ö
õ
o
Baixas
ä
a
Há uma série de consoantes oclusivas desvozeadas e não aspiradas, com três durações fonêmicas, representadas b d g, p t k e pp tt kk. O resto das consoantes também apresenta distinção na duração, mas apenas as consoantes curtas e longas são distinguidas na escrita. Como nas vogais, dois níveis de duração segmental são fonêmicas, e o terceiro nível é suprasegmentalmente fonêmico. Por exemplo, para o fonema 'n': curto - 'n' em lina "lençol", longo 'n' em linna "da cidade" e extralongo 'n' em linna "para a cidade".
As fricativas são s h, além de f š ž z, usadas em empréstimos. As demais consonantes são j l m n r v, além das alofônicas velares nasaisnk e ng. As consonantes podem ser palatalizadas, mas essa distinção não é marcada na ortografia. A palatalização ocorre antes das vogais frontais. Cerca de 0.15% do léxico apresenta total palatalização fonêmica, quando ela ocorre sem uma vogal frontal.
A tonicidade das palavras recai na primeira sílaba. Todavia, empréstimos internacionais e consoantes extralongas podem alterar esse padrão.
Gramática
Tipologicamente, o estoniano apresenta características de línguas tanto aglutinativas como sintáticas. Ao longo de sua história, a língua alemã teve uma forte influência sobre o estoniano, tanto no vocabulário como na sintaxe.
Apenas três dos casos acima têm função gramatical: o nominativo (o agente/sujeito da frase), o acusativo (o objeto direto) e o partitivo (objeto parcial).
Os demais casos podem ser classificados como casos semânticos, pois indicam uma relação semântica entre os componentes da frase. Os casos podem ser ainda agrupados entre locais e não locais. Os locais podem ser internos, como o ilativo (para um local), inessivo (dentro de um local) e elativo (de dentro de um local). Os locais externos são o alativo (movendo-se para ficar sobre um local), adessivo (sobre um local) e ablativo (de cima de um local). Os demais casos estão expressos no exemplo acima.
Pronomes
Há dois tipos de pronome para cada pessoa em estoniano. Um, mais longo, para quando o foco está no agente e outro mais curto para quando o foco está na ação. São eles:
Singular
1ª pessoa
mina - ma
2ª pessoa
sina - sa
3ª pessoa
tema - ta
Plural
1ª pessoa
meie - me
2ª pessoa
teie - te
3ª pessoa
nemad - nad
Como não há gênero nesse idioma, não há diferença entre "ele" e "ela" ou "eles" e "elas".
Verbos
O sistema de conjugação verbal não apresenta distinção entre os tempos presente e futuro (a forma do presente é utilizada em ambos contextos com a adição de marcadores de tempo), e há formas especiais usadas para expressar uma ação iniciada por um sujeito indeterminado (o "impessoal").
O infinitivo dos verbos em estoniano é sempre terminado por -ma. A conjugação no presente se dá com a junção dos seguintes morfemas na raiz do verbo:
Verbo istuma (sentar-se)
mina istun
sina istud
tema istub
meie istume
teie istute
nemad istuvad
A conjugação no passado se dá com a junção dos seguintes morfemas na raiz do verbo:
Verbo kirjutama (escrever)
mina kirjutasin
sina kirjutasid
tema kirjutas
meie kirjutasime
teie kirjutasite
nemad kirjutasid
Negação
A negação é feita adicionando-se a palavra ei antes do verbo: