A metade oriental caracteriza-se por planícies baixas, com frequência densamente florestadas, por onde correm muitos rios incluindo o Putumayo, o Yapura, o Meta e o Guaviare, que ou se dirigem para o Orinoco ou para o Amazonas.
A cordilheira Oriental, formada por dobramentos cretáceos, divide abruptamente a região montanhosa de norte e oeste das planícies baixas do interior, que compreendem metade da área total do país. Ao sul, a selva é banhada pelos rios do sistema amazônico. Os Llanos ao norte dessas planícies transmontanas, são uma região de baixadas tropicais, banhadas pelos afluentes do Orinoco.
Embora a Colômbia se situe quase inteiramente dentro da faixa tropical, o clima é modificado pela altitude e pela ação dos ventos. Temperaturas altas prevalecem nas áreas mais baixas, caracterizadas pela excessiva umidade e densas florestas. A zona subtropical compreende os vales e encostas entre 450m e 1.800m de altitude. Daí até os 3.000m encontra-se a zona temperada.
De modo geral, há duas estações anuais, o inverno, úmido, e o verão, seco. Variam, entretanto, amplamente em época e duração, segundo as diversas regiões. A área mais seca é provavelmente o extremo norte da península de La Guajira, onde a precipitação média é inferior a 250mm. A área de maior índice pluviométrico da Colômbia, e possivelmente de toda a América do Sul, é a faixa litorânea do Pacífico, sobretudo perto do divisor de águas dos rios San Juan e Atrato, onde precipitação média anual excede 10.000mm e não há estaçãoseca.
Os rios mais importantes da Colômbia são o Magdalena e seu tributário, o Cauca, que nascem no altiplano dos Andes, junto do Equador. O Magdalena deságua no mar das Antilhas, perto de Barranquilla. Aproximadamente na metade de curso de 1.528 km perde-se numa vasta rede de planaltos (ciénagas), lagos e lagoas. O Cauca, parcialmente navegável, apresenta areias auríferas que são exploradas desde 1909. O Atrato e o Sinú também correm para a costa norte e são ambos navegáveis. Entre os rios da costa do Pacífico, mais curtos, destacam-se principalmente o Truandó e o Salaqui. Dentre os rios das grandes planícies ocidentais, que deságuam no Orinoco e no Amazonas, sobressaem o Meta, o Guaviare, o Vaupés e o Caquetá.
A floresta tropical recobre as encostas e vales das cordilheiras, grande parte das planícies da costa norte e a porção meridional das planícies orientais. No entanto, os produtosflorestais constituem potencial econômico inexplorado, sendo numerosas as espécies de palmeiras e orquídeas. Na zona subtropical há grande variedade de frutas e a zona temperada é a região agrícola. Acima de 3.000m a vegetação é raquítica, seguida, mais acima, de espécies alpinas.