Desde os anos 1990 a marca genérica da empresa foi EuskoTren, tendo sido mudada em 2011 sob o logotipo aglutinador euskotren. Os diferentes serviços da empresa são operados sob as marcas Euskotren Trena (comboios de passageiros, anteriormente EuskoTren), Euskotren Tranbia (elétricos, anteriormente EuskoTran), Euskotren Kargo (comboios de mercadorias, anteriormente EuskoKargo) e Euskotren Autobusa (autocarros). As novas marcas foram criadas em abril de 2012.
A Euskotren Tranbia opera os serviços de serviços de elétricos de Bilbau, Leioa e Vitória. A mudança oficial da marca coincidiu com a inauguração a 25 de abril de 2012 de um novo trecho de linha em Bilbau.