Nessa fase as equipes classificadas entre 6 e 27 no ranking de seleções da AFC de março de 2011 entraram na disputa, mais as oito classificadas da fase anterior. O sistema de disputa seguiu sendo eliminatório, em partidas de ida e volta. Os quinze vencedores foram para a terceira fase.[2]
Cabeças-de-chave
As seleções foram divididas em dois potes. No pote A estavam as equipes entre 6 a 20 no ranking, e no pote B os times entre 21-27, junto com os oito vencedores da primeira fase.