W sierpniu 1994 roku ponownie został szkoleniowcem Hutnika Warszawa, zastępując Piotra Wiśnika[4]. W sezonie 1994/1995 zajął z Hutnikiem jedenaste miejsce w II lidze[2]. Pod koniec października, po tym, gdy jego drużyna wygrała zaledwie dwa spotkania, stracił pracę[5][6]. 9 października 1996 roku został asystentem Mieczysława Broniszewskiego w Polonii Warszawa[7]. We wrześniu 1997 roku objął stanowisko po Broniszewskim. Prowadzona przez niego drużyna na szesnaście meczów I ligi wygrała dziesięć i zdobyła wicemistrzostwo Polski[8]. Mimo to na sezon 1998/1999 Małowiejski nie utrzymał stanowiska, jako że nowym trenerem Polonii został Zdzisław Podedworny[9].
Po objęciu przez Mieczysława Broniszewskiego funkcji trenera w Górniku Zabrze w kwietniu 2000 roku, Małowiejski został jego asystentem[10]. Po zakończeniu sezonu 1999/2000 rolę Małowiejskiego przejął Józef Dankowski[11]. W październiku 2002 roku zastąpił Janusza Batugowskiego jako szkoleniowca piłkarzy KSZO Ostrowiec Świętokrzyski[12]. Pod wodzą Małowiejskiego piłkarze KSZO rozegrali dwadzieścia meczów w I lidze, przegrywając siedemnaście z nich. Po sezonie ostrowiecki klub spadł z ligi, a Małowiejski pozostał bez pracy[8].
W sezonie 2006/2007 był trenerem Lecha II Poznań oraz koordynatorem ds. młodzieży w klubie[8][15]. Od lipca do grudnia 2011 roku był koordynatorem grup młodzieżowych w Podbeskidziu Bielsko-Biała[8].
