Historia parafii związana jest z dziejami całej miejscowości. Przez długie lata na terenie Werbkowic działała parafia greckokatolicka. W 1864 roku Antoni Szydłowski ufundował nową cerkiew. Po likwidacji unickiej diecezji chełmskiej świątynia przeszła w ręce prawosławnych[2]. W czasie I wojny światowej cerkiew służyła m.in. wojskom austriackim za kwaterę i kuchnię[3]. 15 sierpnia 1918 dawna cerkiew została zrewindykowana przez Kościół katolicki i wyświęcona ponownie jako kościół. Pierwsze nabożeństwo łacińskie w byłej cerkwi odprawiono 15 sierpnia 1919[3]. 7 listopada 1919 Marian Leon Fulman erygował parafię pw. św. Michała Archanioła w Werbkowicach[2].
W okresie międzywojennym została przebudowana wieża, usunięto prawosławne malowidła oraz ogrodzono kościół i cmentarz. W 1937 roku zostały zorganizowane misje święte. Kiedy wybuchła II wojna światowa, proboszczem był Franciszek Zenta, który musiał opuścić budynek świątyni, którą zajęli Ukraińcy. Plebania została zamieniona na posterunek ukraińskiej milicji[2].
4 lutego 1945 z Sokołowa do Werbkowic przybył Franciszek Klinger. Kościół był zniszczony, lecz wkrótce przystąpiono do remontu. Oprócz sprzętów liturgicznych, przywieziony został obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy. 18 marca 1945 kościół został poświęcony przez ks. Klingera za pozwoleniem Kurii. Pierwsza uroczystość odpustowa odbyła się 1 lipca 1956. W 1986 roku Klinger został przeniesiony na emeryturę, a jego następcą został Adam Marek, który kontynuował inicjatywy duszpasterskie i gospodarcze poprzednika[2][4].
13 listopada 1987 wydano pozwolenie na budowę nowego kościoła. 10 kwietnia 1988 ówczesny kanclerz diecezji lubelskiej, Franciszek Przytuła, odprawił mszę św. na placu budowlanym. 23 kwietnia 1989 odbyła się uroczystość wmurowania kamienia węgielnego pod budowę nowego kościoła, poświęcenia dokonał bp Piotr Hemperek. 29 czerwca 1997 bp Jan Śrutwa dokonał konsekracji nowej świątyni[2]. Pomimo wybudowania nowego kościoła, w 2009 roku zostało założone Stowarzyszenie Na Rzecz Remontu Drewnianego Kościoła Zabytkowego w Werbkowicach i zorganizowana zbiórka pieniędzy. W 2017 stowarzyszenie zostało rozwiązane[3][5].
Do obchodów stulecia wspólnota parafialna przygotowywała się już od początku roku. Została zorganizowana wystawa pod hasłem: „Oto siewca wyszedł siać…”, która prezentowała wiele pamiątek z ostatniego wieku istnienia parafii[4]. 7 listopada 2019 odbyła się uroczystość jubileuszowa. Mszę celebrował bp Mariusz Leszczyński[3][4].
Do parafii przynależy cmentarz o powierzchni 2,27 hektara[6].
↑Ogłoszenia. parafia.werbkowice.pl, 2021-05-23. [dostęp 2021-05-26]. Cytat: Fragmenty kroniki parafialnej: „Ks. Prob. Adam Marek zwrócił się do Ks. Bpa Ordynariusza z prośbą o przydział dla Parafii Werbkowice jeszcze jednego Księdza Wikariusza do pomocy. […] Dnia 4 stycznia 1987 r. został przez Ks. Adama Marka przywitany Ks. Mgr Aleksander Tabaka, który odprawił w kościele parafialnym pierwszą Mszę św. jako Prymicjant. Udzielił błogosławieństwa kapłańskiego, prymicyjnego. Przywitany przez dzieci i młodzież, rozpoczął pracę duszpasterską […] od wizyty duszpasterskiej […] i jako katecheta w Gozdowie i Podhorcach”. (pol.).
↑Ogłoszenia. parafia.werbkowice.pl, 2021-06-27. [dostęp 2021-06-27]. Cytat: Fragmenty kroniki parafialnej: „W dniu 28 grudnia 1988 roku zgłosił się u Ks. Prob. Adama Marka nowy Ks. Mgr Leszek Szuba z misją kanoniczną jako wikariusz Parafii Werbkowice. […] Przywitany przez Księdza Proboszcza Adama Marka, w dniu 1 stycznia, w pierwszą niedzielę nowego roku 1989, odprawił pierwszą Mszę św. udzielając parafianom błogosławieństwa prymicyjnego”. (pol.).
_-_DSC02194_v1.jpg)
_-_DSC02199_v3.jpg)