Pierwsze wzmianki o niej datuje się na wiek XV. Nazwa miejscowości pochodzi prawdopodobnie od licznych młynów znajdujących się na tym terenie przed laty. Pierwszymi osadnikami była rodzina Toporczyków.
Młyńczyska przez bardzo długi okres były biedną osadą, liczącą niewielu mieszkańców. Wieś była podzielona na stronę Potocką i Łukowską. Dopiero z początkiem XX wieku zaczął się widoczny rozwój. W 1914 r. rozpoczęto budowę drewnianego kościoła, pierwszym księdzem w Młyńczyskach był Tobiasz Grunwaldzki. Do 1931 r. granicę wyznaczał potok Jastrzębik. Mieszkańcy z północnej części wsi chodzili do kościoła w Łukowicy, a z południowej do Czarnego Potoku. Wybudowanie kościoła spowodowało, że powstała jedna parafia rzymskokatolicka erygowana 1 listopada 1933 r.
W latach 80. XIX w. wieś liczyła 609 mieszkańców katolików, którzy należeli do parafii w Czarnym Potoku i Łukowicy. Znajdowała się tu gminna kasa pożyczkowa. W Młyńczyskach znajdował się również browar, karczma i duże gospodarstwo folwarczne[7]. Podczas II wojny światowej na terenie miejscowości działała dobrze zorganizowana partyzantka. W maju 1945 roku na Cisowym Dziale zginęła Genowefa Kroczek ps. „Lotte”, w okresie okupacji organizatorka punktów sanitarnych i szkoleń sanitariuszek dla oddziałów Batalionów Chłopskich[8]. W 1974 r. na otwarcie nowego budynku szkoły podstawowej przybył były zastępca Naczelnego Dowódcy WP gen. Zygmunt Berling.
Obecnie Młyńczyska zamieszkuje 1000 osób. Miejscowość położona na obszarze gwary podegrodzkiej (pogranicze góralsko-lachowskie) zgodnie z jej granicami wytyczonymi przez dialektologów, natomiast etnograficznie znajduje się już w obrębie terenu Górali Białych. Od 2022 r. w miejscowości działa oddział Związku Podhalan[9].
Turystyka
Najbardziej znaną atrakcją turystyczną miejscowości jest 13-metrowy krzyż milenijny i położone nieopodal niego stacje drogi krzyżowej, ulokowane na przełęczy Cisowy Dział[10]. Co roku, na przełomie kwietnia i maja, w tym miejscu odbywa się uroczysta msza w regionalnej oprawie, organizowana wspólnie przez Związek Podhalan Oddział w Łącku oraz parafian z Młyńczysk. W sąsiedztwie krzyża znajduje się otwarte w 2016 r. Centrum Pielgrzymkowe „Tabor”.
W 2021 roku na pobliskiej górze Modyń oddano do użytku wieżę widokową. Z centrum miejscowości na szczyt prowadzi szlak turystyczny (niebieski, czas przejścia 1:10 h).
W 2023 roku otwarto kolejną w okolicy wieżę widokową na Skiełku (szlak zielony, czas przejścia 2 h)[potrzebny przypis].
Przez Młyńczyska przebiegają następujące szlaki turystyczne: