Kard. Suenens zabrał głos tłumaczący znaczenie darów charyzmatycznych podczas sesji Soboru w dniu 22 października 1963 roku. W czasie sesji dyskutowano nad kwestią charyzmatów w Kościele. Wobec głosów mówiących, że nadzwyczajne dary charyzmatyczne były kwestią Kościoła pierwotnego, kardynał przekonywał o ich konieczności w życiu Kościoła współczesnego. Bez nich pojęcie Ludu Bożego oraz Ciała Chrystusowego, którym Sobór przywrócił pierwotne znaczenie, pozostaną martwą literą. Zaprzeczenie charyzmatom przeszkodziłoby przebudzeniu duchowemu Ludu Bożego. Jego racje przyczyniły się do ujęcia nauczania o charyzmatach w tekście soborowym Lumen gentium. Dokument mówi, iż dary Ducha stanowią zwyczajny element życia duchowego Kościoła i są przyznawane każdemu ochrzczonemu[1]
W roku 1968 jako jeden z pierwszych odrzucił papieskie nauczanie nt. życia małżeńskiego określone w encyklice Humanae vitae: Nie czujemy się zobowiązani do bezwarunkowej i całkowitej uległości, jak w przypadku orzeczeń dogmatycznych[2].
