Została zbudowana w latach 1893-1894, zastępując starszą latarnię. Stanowi ośmiokątną wieżę zwężającą się ku górze, zakończoną galerią z misternie kutymi poręczami. Latarnia jest wzorowana na nieistniejącej latarni z Cleveland w Stanach Zjednoczonych. Była pierwszą latarnią morską nad Bałtykiem używającą światła elektrycznego[2].
Latarnia morska Gdańsk Nowy Port była jednocześnie wieżą pilotów portowych i mieściła na swym szczycie zamontowaną w 1893 r. Kulę Czasu. Podniesienie i spadek kuli w każde południe pozwalało nawigatorom statków stojących na redzie portu na ustalenie poprawki chronometrów okrętowych, żeby później móc dokładnie określić położenie statku na otwartym morzu. Kula została usunięta i dopiero w 2008 roku została zrekonstruowana i ponownie umieszczona na szcycie latarni[2].
1 września 1939 roku strzałem z okna latarni dano znak żołnierzom znajdującym się na okręcie „Schleswig-Holstein” do rozpoczęcia ostrzału Westerplatte. Kilka chwil później z Westerplatte padły dwa strzały armatnie – pierwszy chybił. Drugi był już celny i trafił w budynek latarni, likwidując stanowisko CKM-u. Do dziś widać miejsca z nową jasną cegłą[3].
Wraz z uruchomieniem latarni w gdańskim Porcie Północnym, w 1984 roku została wyłączona. Obecny, prywatny właściciel wyremontował latarnię i od 2004 udostępnił zwiedzającycm[3].
1 kwietnia 2008 roku na szczycie latarni zamontowano zrekonstruowaną Kulę Czasu. Wykonana ze stali nierdzewnej ażurowasferyczna konstrukcja ma średnicę 1,7 m i waży 70 kg. Czterometrowy masz zainstalowany został 30 m nad ziemią[4]. Została ona uruchomiona 21 maja 2008 roku, od tego czasu swoim opadaniem wskazuje godziny 10:00, 12:00, 14:00, 16:00 i 18:00. Na świecie zachowało się do czasów dzisiejszych tylko kilka egzemplarzy[5].