Historia miejscowości sięga XIII wieku. Akt lokacyjny Kluszkowiec pochodzi z 1307 roku. Na jego mocy ksieni starosądeckich klarysek Stronisława nadaje tytuł zasadźcy Hynce Czarnemu, a także dobra klasztorne w celu założenia wsi na prawie magdeburskim[4]. Wieś królewska Kluczkowice, położona w drugiej połowie XVI wieku w powiecie sądeckim województwa krakowskiego, należała do tenuty czorsztyńskiej[5]. Około 1870 roku zaczęto pozyskiwać andezyt, z którego zbudowana jest góra Wdżar. W 1926 górę nabył zarząd miasta Nowego Sącza, by następnie odsprzedać ją w 1929 spółce Kamieniołomy Miast Małopolskich. Kamieniołom zatrudniał ok. 300 pracowników i stanowił istotny element lokalnej gospodarki, a także dawał utrzymanie okolicznej ludności[6]. Kluszkowce już na początku XX wieku były popularną wioską letniskową, a od momentu powstania Zbiornika Czorsztyńskiego przeżywają prawdziwy najazd turystów. U wylotu Kluszkowianki powstało centrum sportów wodnych z przystanią dla jachtów i wypożyczalnią sprzętu wodnego. Zwolennicy jazdy na nartach spotykają się zimą na zboczach góry Wdżar wznoszącej się 767 m n.p.m., na których znajduje się Ośrodek Narciarski Czorsztyn-Ski (stoki oświetlone, sztucznie naśnieżane, z dwoma wyciągami krzesełkowymi i paroma talerzykowymi wyciągami narciarskimi).