W szkole średniej uczył się grać na saksofonie altowym i fortepianie. Jego pierwsze publiczne występy miały miejsce w okolicach Chicago. Studiował muzykę i dziennikarstwo na DePaul University. W 2001 przeprowadził się do Nowego Jorku, gdzie studiował w Manhattan School of Music, ucząc się od tak różnorodnych muzyków jak Dave Liebman, Wynton Marsalis, Dick Oatts i Jason Moran. W 2003 po uzyskaniu magisterium kontynuował studia jazzowe w Juilliard School pod opieką Victora Goinesa. W tym samym roku Moppa Elliott zaangażował go do swojego kwartetu Mostly Other People Do the Killing.
W 2008 zwyciężył w konkursie Thelonious Monk Saxophone Competition organizowanym przez Thelonious Monk Institute of Jazz, a krytycy magazynu DownBeat przyznali mu tytuł the Rising Star Alto Saxophone oraz the Rising Star Tenor Saxophone[2]. Z kolei magazyn Time Out New York zaliczył go do grona The 25 essential New York City jazz icons[3]. W 2012 został uznany za Muzyka Roku przez renomowane czasopismo The New York City Jazz Record.
Jest stałym członkiem zespołów Mary Halvorson Quintet, Septet i Octet, Dave Douglas Quintet, Barry Altschul’s 3Dom Factor oraz Uptown Jazz Tentet[4]. Realizuje też własne projekty. W skład istniejącego od wielu lat Jon Irabagon Quartet wchodzą Luis Perdomo, Yasushi Nakamura i Rudy Royston, a członkami Jon Irabagon Trio są ponadto Mark Helias i Barry Altschul.
