W 1587 zgodził się na elekcję syna Zygmunta na tron polski; wykształcony, interesował się teologią i historią, usiłował doprowadzić do zbliżenia między luteranizmem a katolicyzmem. Pod wpływem żony sprowadził do Szwecji zakon jezuitów a w 1576 zgodnie z jego wolą wprowadzono nową liturgię wzorowaną na katolickiej[5]. Interesował się sztuką, szczególnie architekturą. Po śmierci Katarzyny poślubił Gunnillę z którą miał syna Jana urodzonego w 1589 roku. W tym samym roku Jan III zawiedziony niechęcią Polaków do walki przeciwko Moskwie próbował ściągnąć swojego syna do Szwecji. Jego decyzję zablokowała arystokratyczna Rada Królestwa (Riksråd), za co jej członkowie popadli w niełaskę. Jan III chcąc złamać szwedzką arystokrację zawarł przymierze z Karolem Sudermańskim. Jednak będąc już śmiertelnie chory Jan przywrócił urzędy odtrąconym arystokratom wymuszając na nich przyrzeczenie, iż po śmierci króla nie dopuszczą Karola do rządów w kraju.
Jego dewizą było łacińskie zdanie „Deus protector noster” (Bóg jest naszym obrońcą). Po jego śmierci jako zwolennika katolicyzmu odbył się zjazd w Uppsali (przedstawicieli szlachty, magnaterii i kleru) który zniósł narzuconą przez niego liturgię i ogłosił protestancki charakter państwa[6].
Larsson L.-O., Arvet Efter Gustav Vasa: En Berattelse Om Fyra Kungar Och Ett Rike, Wydawnictwo „Prisma”, Stockholm 2005, ISBN 91-518-4203-3.
Ericsson L., Johan III: En Biografi, Wydawnictwo „Historiska Media”, Stockholm 2004, ISBN 978-9185057474.
Praca zbiorowa: Svenskt biografiskt handlexikon, Wydawnictwo „Albert Bonniers Förlag”, Sztokholm 1906, [on-line] T. I. s. 549–550. (szw.) [dostęp 1 lutego 2011]
Praca zbiorowa: Nordisk familjebok, Wydawnictwo „Nordisk familjeboks förlags aktiebolag”, Sztokholm 1910, [on-line] wyd. II. T. 12. s. 1432–1435. (szw.) [dostęp 1 lutego 2011]