Klub wywodzi się z Čukaricy, należącej do aglomeracji Belgradu i leżącej na prawej części Sawy pośród cukrowni i doków. Został założony 4 lipca 1926 jako ČSK „Čukarički Casual Club”. Wybrano barwy białe i czarne, w których zespół gra do dziś. Pierwszym prezydentem Čukaričkiego był Miloš Ilić, pierwszy serbski lotnik. Pierwsi piłkarze byli amatorami i sami organizowali mecze, m.in. grając w koszulkach własnej roboty.
Jedną z pierwszych gwiazd zespołu był Aleksandar Petrović-Pikavac. W 1935 roku przeszedł do jednej z najlepszych drużyn w kraju, FK Jugoslavija, a z czasem został reprezentantem Jugosławii. W 1948 roku Čukarički zajął 4., a w 1951 roku – 3. miejsce w jugosłowiańskiej lidze. W sezonie 1953/1954 znów był trzeci, a w 1955/1956 była to 2. pozycja. Większy sukces klub osiągnął w sezonie 1966/1967, gdy zajął 1. miejsce w drugiej lidze Belgradu oraz zdobył Puchar Belgradu. Następnie awansował do pierwszej ligi Serbii, a w sezonie 1972/1973 wywalczył mistrzostwo kraju.
W 1995 roku Čukarički awansował do 1/4 finału Pucharu Jugosławii, a w sezonie 1995/1996 i 1996/1997 wystąpił w rozgrywkach Pucharu Intertoto. W sezonie 1999/2000 zajął 6. miejsce w lidze. Następnie klub został wykupiony przez firmę STANKOM, która polepszyła sytuację finansową klubu i rozbudowała stadion do 7000 widzów. W sezonie 2006/2007 klub wywalczył promocję do serbskiej ekstraklasy. W sezonie 2010/2011 klub odnotował spadek na drugi poziom ligowy do Prvej ligi
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe
