Dzieciństwo spędziła na bydgoskim Okolu. Wychowała się w rodzinie, w której pielęgnowano muzykę. Uczyła się prywatnie gry na fortepianie. Po ukończeniu Liceum Muzycznego w Bydgoszczy i maturze (1960 – klasa fortepianu Lucjana Galona) studiowała muzykologię na Uniwersytecie Warszawskim. Po obronie pracy magisterskiej została zatrudniona w Filharmonii Pomorskiej w Bydgoszczy, gdzie zajmowała się organizacją Bydgoskich Festiwali Muzycznych i kongresów-festiwali Musica Antiqua Europae Orientalis. Zaliczała się do najbliższych współpracowników długoletniego dyrektora FP Andrzeja Szwalbe. W 1979 została kierownikiem artystycznym Bydgoskich Festiwali Muzycznych, w 1989 wicedyrektorem filharmonii, a w 1990 dyrektorem artystycznym FP.
W 1991, po odejściu Andrzeja Szwalbe na emeryturę, została mianowana dyrektorem naczelnym Filharmonii Pomorskiej w Bydgoszczy, którym pozostawała do przejścia na emeryturę w 2015. Przeprowadziła instytucję przez okres ustrojowej transformacji. Kierowana przez nią instytucja utrzymała stabilność finansową instytucji, poszerzyła ofertę artystyczną o nowe formy (m.in. spotkania z mistrzami pióra oraz koncerty uniwersyteckie), wprowadziła innowacje organizacyjne (zniżki dla bezrobotnych, otwarte dla publiczności próby generalne), pozyskała dla bydgoskich filharmoników zagranicznych dyrygentów, utrzymała zmieniającą swój repertuar Capellę Bydgostiensis.
Eleonora Harendarska zaangażowała się w działalność licznych organizacji społecznych działających na rzecz kultury. Była członkinią zarządu głównego Stowarzyszenia Polskich Artystów Muzyków w Warszawie, współzałożycielką i pierwszą przewodniczącą Konferencji Dyrektorów Polskich Filharmonii, członkinią jury różnych konkursów artystycznych.
