W czasie okupacji przebywał w Warszawie, działając w ruchu oporu – m.in. kolportował prasę podziemną, za co był krótko więziony na Pawiaku. W powstaniu warszawskim walczył w szeregach Armii Krajowej. Po upadku powstania, w latach 1944-1945 przebywał w obozie jenieckim w Niemczech.
Wróciwszy do kraju w 1946 roku rozpoczął pracę w Polskim Związku Zachodnim w Poznaniu, a następnie od 1950 roku pracował w Rozgłośni Poznańskiej Polskiego Radia, początkowo w redakcji literackiej, a w końcu jako zastępca redaktora naczelnego. W 1961 roku zwolniono go jednak z powodów politycznych i od tej pory skupił się na samodzielnej pracy eseistycznej, przekładowej i krytycznoliterackiej. Napisał wiele monografii, esejów oraz innych tekstów o charakterze historyczno- i krytycznoliterackim poświęconym europejskiej prozie dwudziestowiecznej, dotyczących takich autorów jak: James Joyce, Robert Musil, Thomas Mann, Stefan Zweig, Franz Kafka, Joseph Roth czy Martin Andersen Nexø. Publikował licznie w polskich oraz zagranicznych czasopismach literackich i naukowych. Wydany w 1962 roku[1]Telemach w labiryncie świata jest pierwszą w języku polskim poważną i obszerną monografią na temat życia i twórczości Jamesa Joyce’a. Naganowski uważany jest też za jednego ze współtwórców europejskiej „musilologii”, m.in. dzięki innej monografii z 1980 roku poświęconej Musilowi pt. Podróż bez końca: opowieść o życiu i twórczości Roberta Musila.
Zmarł Egon Naganowski, „Gazeta Wyborcza” Poznań nr 19, wydanie pop z dnia 24 stycznia 2000, dodatek KULTURA s. 7
Poddany cesarza, „Gazeta Wyborcza” nr 76, wydanie waw z dnia 31 marca 1998, dodatek KULTURA, s. 12
Sto lat, Panie Egonie!, „Gazeta Wyborcza” Poznań nr 74, wydanie pop z dnia 28 marca 1998, s. 7
Poddany Franza Josefa, wywiad z Egonem Naganowskim przeprowadzony przez Ewę Obrębowską-Piasecką i Andrzeja Niziołka, „Gazeta Wyborcza” nr 77, wydanie waw z dnia 1 kwietnia 1998, dodatek KULTURA, s. 12
