Vitenskapsåret 1609 er en oversikt over hendelser, prisvinnere, fødte og avdøde personer med tilknytning til vitenskap i 1609.

• 4. april – Henry Hudson reiser fra Amsterdam for å finne en direkterute til Kina vestover.^[1]
• 28. august – Hudson oppdager Delawarebukten.
• 11. september – Hudson starter turen oppover Hudsonelva.^[2]

• Mai − Galileo Galilei erfarer oppfinnelsen av en refraktor i Nederland. Han perfeksjonerer designet og benytter den til å observerer himmellegemer fra august av.
• 26. juli – Thomas Harriot tegner det første kartet over Månens overflate etter å ha studert den i et teleskop.^[3][4]
• 21. august − Galilei viser fram sin andre kikkert, forstørret åtte eller ni ganger for senatet i Venezia.
• Johannes Kepler får publisert «Astronomia nova», med de første to lovene om planetbevegelser. Praha.

• Anselmus Boëtius de Boodt får publisert verket «Gemmarum et lapidum historia» (Historien om edelsteiner og steiner). Verket er det første forsøket på å systematisere mineraler. 600 mineralsalter blir inndelt etter størrelse, sjeldenhet, hardhet, brennbarhet, gjennomsiktighet. Han bruker en hardhetsskala og diskuterer mineralenes krystallinske former, salgsverdi, imitasjoner og anvendt legemiddelbruk. Hanau.

• Adrien Romain får publisert avhandlingen «Canon triangolorum sphericum» (Boken om sfæriske triangler)^[5]. Köln.

• Cornelius Drebbel finner opp termostaten.

• Oswald Crollius får publisert læreverket «Basilica chymica», med en vidererutvikling av Paracelsus' læresetninger.

• «Botanischer Garten der Justus-Liebig-Universität Gießen» åpner.

• Hugo Grotius får publisert avhandlingen «Mare liberum», der han formulerer det nye prinsippet at havet er internasjonalt territorium, og at alle nasjoner er frie til å bruke det for handelsvirksomhet.

• Det offentlige biblioteket Biblioteca Ambrosiana ble innviet. Milano.

• 29. juni – Pierre Paul Riquet (død 1680), fransk ingeniør.

• 21. januar − Joseph Scaliger (født 1540), fransk filolog.
• 26. mars – John Dee (født 1527), engelsk alkymist, astrolog og matematiker.^[6]
• 4. april – Carolus Clusius (født 1525), flamsk botaniker.