Stephen Fumio Hamao studerte katolsk teologi og filosofi i Tokyo og Roma og ble presteviet i desember 1957 av pave Pius XII.
Etter hjemkomsten til Japan var han biskopens sekretær, visekansellist, notarius og stedfortredende officialis ved bispedømmets domstol. utover dette hadde han sjelesørgeriske oppgaver i domkirken og sekretær for bispedømmets liturgikommisjon.
Biskop
Fra 1970 til 1979 var han hjelpebiskop i erkebispedømmet Tokyo, og fra 1979 til 1998 biskop av Yokohama.
I 1998 ble han kalt til Roma der han ble president for Vatikanets råd for migranter og flyktninger, et verv han hadde frem til pave Benedikt XVI den 12. mars2006 innvilget hans avskjedssøknad.