Et stipend fra byrådet i Danzig gjorde det mulig for Siefert å studere hos den berømte organisten Jan Pieterszoon Sweelinck i Amsterdam, sannsynligvis mellom 1607 og slutten av 1610. Senere ble han vikarierende organist i Danzig, og fra 1611 var han organist ved den gamle bykirka i Königsberg til han i 1616 ble organist ved Sigismund III Vasas hoffkapell i Warszawa. 23. september 1623 ble han utnevnt til Michael Weydas etterfølger som organist ved St. Marienkirche, en post han beholdt livet ut.
Siefert var en stridbar person som lå i langvarige konflikter med mange av sine samtidige, eksempelvis hoffkapellmester Marco Scacchi og korlederen i Mariakirka, Kaspar Förster. Scacchi og Siefert publiserte flere musikksamlinger i direkte konkurranse med hverandre.
Sieferts første bok med Psalmen Davids består av to konserter for fire og fem stemmer. Materialet er hentet fra kalvinistenesGoudimel-Lobwasserpsalter. Formmessig er dette koralmotetter der instrumentene spiller liten rolle, stort sett dublerer de sanglinjene. Psalmorum Davidicorum II inneholder femten salmer for fire til åtte stemmer, en concerto for fire stemmer og en åttestemmig instrumental canzona; verkene er forløpere for koralmotette in stile concertato og koralkantate: vi finner instrumentale preludier og ritornellos, og veksling mellom solo- og tutti-passasjer.
Sieferts klaviaturmusikk minner noe om Sweelincks, men holder stort sett en ganske lav kvalitet. Vanligvis spiller høyre hånd en rikt ornamentert linje mens koralen ligger i et lavere leie. Denne framgangsmåten avbrytes av episoder der Siefert eksperimenterer harmonisk og klanglig.
Professor for kirkemusikk ved Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald, Matthias Schneider, har gitt ut en kritisk utgave av Paul Sieferts klaviaturmusikk, og musikkviteren Klaus Beckmann står bak en kritisk utgave av Sieferts samlede orgelverk.
Verk
Bevarte vokale verk
Psalmen Davids, nach französischer Melodey oder Weise in Music componieret, 3-5 stemmig kor, instrumental colla parte og basso continuo (1640)
Canticum seu Symbolum divi Ambrosii et Augustini Te Deum laudamus, 1-5 stemmig kor, instrumental colla parte og generalbass (1642)
Psalmorum Davidicorum, ad gallicam melodiam … pars II … 4-8 part choir,instrumental colla parte og generalbass (1651)
Der Herr herrschen thut, motett for femstemmig kor
M. Seiffert: «Paul Siefert. Biographische Skizze», Vierteljahrsschrift für Musikwissenschaft VII, 1891
C.-A. Moberg: ”Om Paul Sieferts ’Psalmen Davids’ 1651”, Eripainos Uusi Musiikkilehti VII/VIII, 1957
C. Dahlhaus (redigert under W. Wiora): «Cribrum musicum. Der Streit zwischen Scacchi und Siefert», i Norddeutsche und nordeuropäische Musik (Referate der Kieler Tagung 1963), Kieler Schriften zur Musikwissenschaft XVI, Kassel 1965
W. Nitschke: «Zu Paul Sieferts Psalmen», Bonn 1970