Fure var professor i moderne historie ved Universitetet i Bergen fra 1998 til 2002, da han tiltrådte som leder og forskningsdirektør ved Senter for studier av Holocaust og livssynsminoriteter (Holocaust-senteret/HL-senteret). Han var direktør ved HL-senteret fra 2003 til 2012.[7] Fure var spesialist på forskning på folkemord, samt moderne tysk og europeisk historie.[8]
I 1997 var Fure engasjert i Irving-debatten mot Hans Fredrik Dahl om hvorvidt historiker og holocaust-benekterenDavid Irvings bøker kunne brukes som etterrettelige faglige fremstillinger av andre verdenskrigs historie. Etter dommen mot Irving i en injuriesak som Irving hadde anlagt mot Deborah Lipstadt, innrømmet Dahl at hans vurderinger av Irvings bøker bygde på feilaktig grunnlag.
Bibliografi
2002 «Tilintetgjørelsen av de europeiske jødene», Nytt Norsk Tidsskrift nr. 2 2002-10-29
2002 «Irving-prosessen: Historie, juss og erindring», Samtiden nr. 2 2002
1997 Kampen mot glemselen. Kunnskapsvakuum i mediesamfunnet Om hvordan minnet om 1900-tallets folkemord svekkes pga. avstand til begivenheten og at generasjonen som opplevde det dør ut.
1993 Kritisk empirisme Historie og vitenskapsteori i Ottar Dahls Grunntrekk i Historieforskningens metodelære
1984 «Jens Arup Seips Utsikt over Norges Historie 1–2», Historisk Tidsskrift s. 117–156
1983 «Problemer, metode og teori i historieforskningen, Historie og vitenskapsoppfatningen hos Jens Arup Seips teoretiske produksjon», Historisk Tidsskrift s. 373–401.
