Området ble opprinnelig kalt Higo, men fikk sitt nåværende navn under Meijirestaurasjonen, som en del av avskaffelsen av det føydalske systemet.
Geografi
Kumamoto-prefekturet ligger i den sentrale delen av Kyushu, den sørligste av de fire japanske hovedøyene. Området grenser blant annet til Fukuoka og Oita i nord, Miyazaki i øst, og Kagoshima i sør.
Aso-fjellet (1592 m), en aktiv vulkan, ligger øst i Kumamoto-prefekturet.