Midt i mai det året fikk han en hemmelig beskjed fra Leif Tronstad om å gjøre seg til venns med forskjellige tyske miljø i Norge. På den måten kunne han få muligheten til å oppsøke vitenskapelige kontakter i Tyskland og dermed være i stand til å innhente informasjon om kjernefysisk forskning forbundet med bruk av tungtvann.[8]
Samme år ble han kontaktet av Hans Jensen som var med i Uranverein hvor muligheten for en eventuell tysk atombombe ble undersøkt. Jensen var utsendt av Heisenberg som hadde en viktig rolle i prosjektet, med beskjed om at dette ikke lenger var aktuelt.[9] Da Wergeland hadde kontakt med motstandsorganisasjonen XU, var dette en måte å bringe meldingen til England og de andre allierte.[10]
Da norske myndigheter etter krigens slutt bestemte å bygge opp en forskningsaktivitet rettet mot atomenergi i forbindelse med opprettelsen av Forsvarets Forskningsinstitutt, stilte Wergeland seg negativ til dette. Sammen med Njål Hole og Roald Tangen mente han at det vil være uheldig om dette arbeid ble utført i militær regi.[6] Han ble med i et offentlig nedsatt «Atomutvalg» under ledelse av Svein Rosseland som resulterte i at det sivile Institutt for Atomenergi ble opprettet i 1948.[11]
Wergeland deltok i arbeidsutvalget som ledet til opprettelsen av CERN,[12] og han ble senere også en av Norges delegater til CERNs råd.[13]
Han stilte seg tvilende til om landet trengte Haldenreaktoren[14] og var pådriver for Nordisk Institutt for Teoretisk Atomfysikk som ble opprettet i København i 1957.
Ved NTH bygget han opp et eget institutt for teoretisk fysikk hvor flere av studentene og doktorandene senere overtok akademiske stillinger i samme fagfelt. De første årene var dette konsentrert om elementærpartikkelfysikk, kvanteelektrodynamikk og spredningproblemer i akustikk og kvantemekanikk, men ble etterhvert erstattet med statistisk fysikk for kondensasjon av gasser til væsker og helium ved lave temperaturer.
Etter aldersgrensen gikk han i 1979 over til Forskningsrådets seniorstipendium.