Da han ble utnevnt til kardinal i 2003 var han ennå ikke biskop; han fikk Santi Domenico e Sisto som titteldiakonia. Vanligvis er det nå bare biskoper som utnevnes til kardinaler, men under pave Johannes Paul II var det ikke uvanlig at det ved hvert konsistorium var med minst én ikke-biskop. I Cottiers tilfelle fulgte imidlertid en ordinasjon til biskop noen uker etter utnevnelsen, og én dag før selve kreeringen. Hovedkonsekrerende var kardinal Christoph Schönborn O.P., medkonsekreende var biskop Bernard Genoud av Lausanne, Genève et Fribourg, og erkebiskop Paolo Sardi.
Verker
L'athéisme du jeune Marx, Paris, éd. Vrin, 1959
Du Romantisme au Marxisme, Paris, Alsatia, 1961
Église et pauvreté, Paris, Cerf, 1965
Chrétiens et marxistes. Dialogue avec Roger Garaudy (préf. père Chenu), Tours, 1967, Mame
Régulation des naissances et développement démographique. Perspectives philosophiques et théologiques, Paris-Bruges, Desclée de Brouwer, 1969
Horizons de l'athéisme, Paris, Cerf, 1969
La mort des idéologies et l'espérance, Paris, Cerf, 1970
Etica dell'intelligenza, Vita e Pensiero, 1988
Histoire et connaissance de Dieuv, Fribourg, éd. universitaires, 1993
Défis éthiques, Saint Maurice (Suisse), éd. Saint-Augustin, 1996
Valori e transizione : il rischio dell'indifferenza, Studium, 1994
Les Chemins de la raison : questions d'épistémologie théologique et philosophique, Saint-Maur Parole et Silence, 1997
Mémoire et repentance, pourquoi l'Église demande pardon, Parole et Silence, 1998
Le désir de Dieu : au cœur de Saint-Thomas, Saint-Maur Parole et Silence, 2002
Vous serez comme des dieux, Saint-Maur Parole et Silence, 2009
Humaine raison : contributions à une éthique du savoir, Lethielleux, 2011
Ateismi di ieri e di oggi, La Scuola, 2012
Regards catholiques sur la Franc-maçonnerie, éd. du Rocher, 2012
La mémoire des sources : Pour une philosophie de la religion, Paris, Cerf, 2015
^I et intervju med 30Days sa Cottier: «Når vi går tilbake til de første årene, var den første 'store' teksten jeg jobbet med sosialencyklikaen Centesimus annus. Og så Ut unum sint om økumenikk, moralencyklikaen Veritatis splendor , og Fides et ratio».