Under et studieopphold i Brussel ble han involvert i en duell 1. september 1651, og anklaget for mord. Han ble benådet 1652. Etter farens død 1657 overtok han herresetet Søgård. Samme år bortførte han stattholderChristian Rantzaus eneste datter, Margrete Dorothea, uten farens vitende, og ble hemmelig viet i Lübeck[8].
Ved giftemålet kom han inn i en meget innflytelsesrik familie. Da han i tillegg var en favoritt av dronning Sophie Amalie, gikk det raskt frem på embetsbanen.
I de følgende år oppholdt han seg mest på Gråsten og var især opptatt av problemene med Gottorp og de vanskelige finansielle forhold i det sønderborgske hus, men han ble også rådspurt i alle viktige regjeringssaker. Etter tronskiftet i 1670 og Christoffer Gabels fall ble Ahlefeldt den ledende minister, men da han hadde en sterk ulyst til å delta i regjeringens daglige forretninger, ble han etterhvert fortrengt av Peder Schumacher Griffenfeld.
Mens Ahlefeldt i begynnelsen hadde støttet Griffenfeld, gikk han senere over til dennes motstandere og var en av de mest aktive for å styrte ham, da han mente, at Griffenfelds politikk var skjebnesvanger for landet. Han var fra 1676 til sin død storkansler, men konsentrerte seg egentlig kun med utenrikspolitikken. Han var utvilsomt en meget betydelig mann, og når man senere i beundringen for Griffenfeld har fremstilt Ahlefeldt som en udugelig tysker, savner dette all begrunnelse i de samtidiges vurdering av ham.
Etter faren og svigerfaren kom Ahlefeldt i besittelse av en stor formue og samlet etterhvert alle slektens sønderjyske besittelser. Grev Rantzau hadde sommeren 1659 med kongens samtykke overdratt ham Tranekær Len på Langeland, og i 1672 ble han lensgreve av Grevskapet Langeland. Dessuten hadde han store besittelser utenfor Danmark. Den 11. oktober1663 ble han tildelt Elefantordenen[9].
.svg)