Aaser ble uteksamaminert med artium i 1908. Dyrlægeeksamen tok han i 1913, ved «den kongelige veterinær- og landbohøiskole» i København. Han var assistent ved høyskolens serumlaboratorum i 1913 til 1914. Senere på året 1914 flyttet han til Oslo og ble assistent ved Veterinærinstituttet der. Han arbeidet seg opp og ble avdelingssjef ved instituttet i 1917.
Vinteren 1926–27 var Aaser leder i kampen mot munn- og klovsyke i Aust-Agder fylke, og fra 1927 ble han medlem av det departementale arbeidsutvalg til humanisering av renslaktningen.
Fra 1938 til 1953 arbeidet han som Professor i kjøtt- og melkehygiene og i veterinær rettsmedisin ved Norges veterinærhøgskole. Deretter ble han pilotiveterinær og dosent i veterinær rettsmedisin ved Norges veterinærhøgskole frem til 1959. I perioden 1950 til 1970 var Aaser fromann i foreningen til Dyrenes beskyttelse.
Aaser leverte flere veterinærvitenskapelige bidrag til Norsk veterinærtidsskrift. Han var også initiativtaker til innsamlingsarbeidet til Norsk veterinærmedisinsk museum ved Norges veterinærhøgskole. Museet ble opprettet i 1969 og bygger på Carl Schwensen Aasers private samling.
