Gunnersen var født borgerlig i Lindebjerg som sønn av degn og klokker Gunner. Han gikk i skole i Varberg, siden i Roskilde. I 1468 ble han magister fra Greifswald universitet, hvoretter han i 1474 kom til det kongelige kanselli og i 1477 ble kansler hos dronning Dorothea. Etter hennes død, fortsatte han i samme stilling hos dronning Christine, helt til han ble utnevnt til erkebiskop.
Erkebiskop i Lund
Som erkebiskop lå han stadig i stridigheter med den skånske adel om kirkens eiendom. Hans fremste motstandere var riksråd Niels Hack og rikshovmester Poul Laxmand. Gunnersen støttet Christian 2.s ambisjoner om også å styre Sverige, men hans forhold til kongen var likevel anstrengt. Da Christian som stattholder i Norge hadde latt biskop Carl av Hamar fengsle, forsøkte Gunnersen å få biskopen i sin varetekt. I 1514 kronet han Christian, og året etter forrettet han ved kongens vielse til prinsesse Elisabeth. For siste gang i Nordens historie hevdet han erkebiskopen i Lunds særstilling som Sveriges primas ved å bannlyseSten Sture den yngre og kirkens øvrige fiender.[2]
Renovering av krypten i Lund domkirke
På begynnelsen av 1500-tallet, lot han den forfalne krypten i domkirken renovere og ombygge. Her innstiftet han Jomfru Maria tider – gudstjenester til Maria ære. I 1512 hadde han ansatt byggmesteren Adam van Düren til renovasjonsarbeidet, samt til å ferdigstille en prektig sarkofag til seg selv og sitt ettermæle.[3] Denne ble hans siste hvilested, da han lukket sine øyne den 10. desember 1519.