Ardea er en av de eldste byene i vestlige Europa. Den ble grunnlagt en gang på 700-tallet f.Kr. og fungerte som hovedstad for rutulerne, en av de mange italiske stammene i sentrale Italia i oldtiden.[3] Dette folket og byen var omtalt i Vergils epos Æneiden.[4][5]
Etter den romerske erobringen ble Ardea hovedsakelig omtalt i forbindelse med Via Ardeatina, en romersk vei, som byen ga navn til. Lucius Columella (død ca. 70 e.Kr.), romersk forfatter av Romas mest kjente og best bevarte verk om jordbruk, Rei rusticae libri XII, eide en gård her.[6]
I 509 f.Kr. forsøkte Romas siste konge, Lucius Tarquinius Superbus, å storme byen, men greide det ikke og måtte isteden legge den under beleiring.[7] Beleiringen ble forstyrret av en revolusjon i Roma som førte til at kongen ble veltet, monarkiet avskaffet og etableringen av den romerske republikk. En av lederne for revolusjonen, Lucius Junius Brutus, kom til den romeske militærleiren ved Ardea og fikk de over på republikkens side.
I 443 f.Kr. ble byen beleiret av volskere, en annen italiske stamme fra sør, men beleiringen ble brutt av romerske soldater under lederskap av Marcus Geganius Macerinus.
Under den andre punerkrig var Ardea en av de få byene som avslo å gi militær støtte til Roma, og etter den romerske seieren ble byen fratatt sitt selvstyre. På 200- og 100-tallet f.Kr. forfalt byen inntil den under det romerske keiserriket knapt var befolket i det hele tatt. Den romerske forfatteren Columella hadde på 100-tallet e.Kr. eiendom her.[8]
Etter at Vestromerriket falt sammen på 400-tallet ble Ardea forlatt. Den fikk ny vekst først etter 800-tallet. Dets festning huset i 1118 pave Gelasius II og ble senere konkurrert om ulike føydale fyrster i området. I 1419 overlot pave Martin V området til sine slektninger, Colonnaslekten, som i 1564 solgte stedet Cesarini.
I 1816 ble det en frazione (subkommune) av Genzano di Roma (storbyområdet Roma). Fra 1932 ble området drenert og Ardea begynte på nytt å blomstre. Det ble en frazione av Pomezia fra dens opprettelse i tiden rundt 1948 og en uavhengig kommune i 1970. Per 2015 har byen en befolkning på 49 978 innbyggere.[9]