Schlüter vokste opp i Danzig som sønn av en billedhugger. Han gikk selv i lære som billedhugger hos billedhuggeren Saponius. Hans første kjente verk er skulpturer utført til Königliche Kapelle Danzig. Senere laget han betydningsfulle relieffer til Krasiński-palasset i Warszawa. I 1694 ble han kalt til Berlin, og laget endestensrelieffene til tøyhuset i Berlin.
Hans mest kjente verk er det såkalte Bernsteinrommet. Det ble bygget fra 1701 og i 1716 gitt i gave av den prøyssiske kongen til den russiske tsar Peter den store. Fra 1702 til 1704 var Schlüter direktør for Akademie der Künste. To år senere falt han imidlertid i unåde på grunn av manglende fundamentering av mynttårnet i byslottet, og ble gitt avskjed som hoffbyggmester. Han fortsatte imidlertid å virke som hoffbilledhugger. Hans fremste rytterstatue var statuen av «den store kurfyrsten» på Lange Brücke ved byslottet, som han hugget i 1708 og idag står ved Schloss Charlottenburg.
Andreas Schlüter reiste i 1713 til St. Petersburg og arbeidet for Peter den store. Han bygget sammen med Johann Friedrich Braunstein det store palasset i Peterhof og slottet Monplaisir. Også byens eldste bygning, Kikinpalasset, ble tegnet av ham, og han utformet også relieffene i sommerpalasset.