Verdscupen i skiskyting 1999 tok til 11. desember 1998 og vart avslutta 14. mars 1999. Turneringa omfatta 23 individuelle tevlingar for begge kjønn. Renna fann stad i Hochfilzen i Austerrike, Osrblie i Slovakia, Oberhof og Ruhpolding i Tyskland, Antholz i Italia, Kontiolahti i Finland, Lake Placid i USA, Valcartier i Canada og Oslo i Noreg.

Dei mannlege utøvarane tevla i tre 20 km normalprogram, ni stk 10-kilometer sprint, ni jaktstartar à 12,5 km og to 15 km fellesstart. I tillegg vart det arrangert seks stafettar over 4 x 7,5 km. Sven Fischer frå Tyskland vann turneringa for andre gong, framom fjorårsvinnar Ole Einar Bjørndalen. Tyske Frank Luck vart tredjemann.

Dei kvinnelege utøvarane tevla i tre 15 km normalprogram, ni stk 7,5 km sprint, ni jaktstartar à 10 km og to 12,5 km fellesstart. I tillegg vart det arrangert seks stafettar over 4 x 7,5 km. Magdalena Forsberg frå Sverige sigra for tredje året i rad, Olena Zubrilova frå Ukraina og Uschi Disl frå Tyskland kom på dei neste plassane.

Plass	Utøvar	Land	Poeng	Sigrar
1	Sven Fischer	Tyskland	443	6
2	Ole Einar Bjørndalen	Noreg	397	3
3	Frank Luck	Tyskland	390	2
4	Ricco Gross	Tyskland	367	1
5	Raphaël Poirée	Frankrike	365	4
6	Pavel Rostovtsev	Russland	330	1
7	Halvard Hanevold	Noreg	322	1
8	Vadim Sasjurin	Belarus	303
9	Peter Sendel	Tyskland	291
10	René Cattarinussi	Italia	290	1
11	Frode Andresen	Noreg	260	1
12	Oleksij Ajdarov	Kviterussland	238	1
13	Vladimir Dratsjov	Russland	237	1
14	Oleg Ryzjenkov	Belarus	218	1
15	Vesa Hietalahti	Finland	192
16	Olegs Maluhins	Latvia	191	1
17	Ludwig Gredler	Austerrike	178
18	Sylfest Glimsdal	Noreg	173
19	Sergej Rozjkov	Russland	168
20	Wolfgang Perner	Austerrike	159
21	Carsten Heymann	Tyskland	146
22	Dag Bjørndalen	Noreg	139
23	Ilmārs Bricis	Latvia	131
24	Wilfried Pallhuber	Italia	112
25	Viktor Majgurov	Belarus	110

Plass	Utøvar	Land	Poeng	Sigrar
1	Magdalena Forsberg	Sverige	478	4
2	Olena Zubrilova	Ukraina	467	8
3	Uschi Disl	Tyskland	420	4
4	Corinne Niogret	Frankrike	375	2
5	Liv Grete Skjelbreid	Noreg	313	3
6	Martina Zellner	Tyskland	302	1
7	Olena Petrova	Ukraina	288
8	Katrin Apel	Tyskland	288
9	Albina Akhatova	Russland	275
10	Ann Elen Skjelbreid	Noreg	258
11	Jekaterina Dafovska	Bulgaria	236
12	Gro Marit Istad	Noreg	217
13	Simone Greiner-Petter	Tyskland	214	1
14	Andrea Henkel	Tyskland	188
15	Martina Jašicová	Slovakia	180
16	Andreja Grašič	Slovenia	177
17	Nina Lemesj	Ukraina	159
18	Eva Háková	Tsjekkia	155
19	Svetlana Isjmuratova	Russland	151
20	Galina Kukleva	Russland	148
21	Svetlana Paramygina	Belarus	134
22	Outi Kettunen	Finland	133
23	Delphyne Heymann-Burlet	Frankrike	132
24	Katja Holanti	Finland	129
25	Gunn Margit Andreassen	Noreg	127