I 1879 reiste Berner striden for det reine flagget, og i 1881 var han med og starta dei første folkevæpningssamlaga, tidlegare hadde han vore formann i Kristiania skytterlag 1869–1879. Frå 1880 til 1888 var han stortingsrepresentant frå Akershus amt. I 1883 var han med i tiltalenemda i riksrettsaka mot Selmer-ministeriet. Frå 1892 til 1912 var han borgarmeister i Kristiania (den tredje i rekkja). Han var også med i ei rekkje kommisjonar for utgreiing av økonomiske og finansielle spørsmål, og han arbeidde for ei betring av ordningane for jordbrukskreditt. Arbeidet hans førte mellom anna til nye reglar for hypoteklån på skog i 1897. Berner var også talsmann for ei ny valording med forhaldstalsval og folkerøystingar.
Kvinnesak og målsak
I 1884 vart han den fyrste leiaren i Norsk Kvindesagsforening som han og Gina Krog hadde skipa same året. Han gjorde også ein stor innsats for målsaka, i 1868 var han med og stifta Det Norske Samlaget der han også vart den fyrste formannen, frå 1868 til 1877.