Zaffelare ontstond in de 12e en 13e eeuw. Het gebied was voordien niet bewoond, maar in deze eeuwen werd er bos ontgonnen en werd een dorpje gesticht, onder bestuur van de Gentse Sint-Pietersabdij. Oude benamingen van de plaats waren "Meentocht" en "Odeveld" (een naam die nog in de Oude Veldstraat, de zuidelijke grens te vinden is). Deze weg ligt op een kilometerslange zandrug die de natuurlijke zuidgrens van Zaffelare vormde. De natuurlijke noordgrens is de Zuidlede. De ontginning van het gebied zorgde voor diverse natuurlijke producten en grondstoffen: de ontgonnen gebieden leverden landbouwopbrengsten, de bossen leverden hout, en het gebied bracht ook turf en hooi voort. Bij geldnood haalde de abdij later inkomsten binnen door verkoop of vercijnzing.
Een eerste ontginning van 12 bunder vond plaats tussen 1150 en 1161. Tussen 1190 en 1123 was er een verdere langzame ontbossing en leenuitgifte. De abdij kreeg in 1221 van de bisschop van Doornik de toelating er een parochie te stichten en een kerk te bouwen. Grootschaliger ontginning gebeurde verder van 1223 tot 1281.
Tijdens de Eerste Wereldoorlog werd door de Duitsers de Hollandlinie aangelegd. Enkele bunkers hiervan zijn nog te vinden in het noorden van het grondgebied.
In 1964 werd 217 ha grondgebied afgestaan aan de gemeente Gent. In 1977 ging Zaffelare op in de fusiegemeente Lochristi
Zaffelare ligt in Zandig Vlaanderen en in het Waasland. De hoogte bedraagt 5-6 meter. De belangrijkste waterloop is de Zuidlede die ten noorden van Zaffelare verloopt. Daarbij ligt natuurgebied Siesmeers met aan de overzijde van de vaart het Provinciaal Domein Puyenbroeck.
Zaffelare in de media
Zaffelare kwam in de schijnwerpers te staan in het programma Willy's en Marjetten, door de terugkerende personages van Gaston D'haese en Eddy Walput, politieagenten die in een vete verwikkeld waren met het korps van Zaffelare, en later zelfs de inwoners van Zaffelare.
Later kwam Zaffelare in de media door "Jasper Van Zaffelare", een vondeling die in een doos in het station van Zaffelare aangetroffen werd door Agenten D'haese & Walput. De politie van Zaffelare kwam tussen. Agent Jaspers van het korps van Zaffelare doopte de vondeling "Jasper Van Zaffelare".