Het seizoen 2008/09 van de BelgischeTweede Klasse ging van start in de zomer van 2008 en eindigt in de lente van 2009. Als gevolg van de zaak-Geel/Namen (seizoen 2007/2008) speelden er dit seizoen uitzonderlijk ook nog 19 clubs in deze reeks.
Gedegradeerde teams
Deze teams waren gedegradeerd uit de Eerste Klasse voor de start van het seizoen:
K. Lierse SK en K. Sint-Truidense VV, dat net was gedegradeerd, streden het hele seizoen mee bovenin. Naar het einde toe kon Sint-Truiden een ruime voorsprong opbouwen, en op de voorlaatste speeldag verzekerde de ploeg zich na een 1-0 zege tegen FC Brussels van de titel.
Waar vorig seizoen de eindrondewinnaar direct mocht promoveren, wordt dit seizoen eerst een kwalificatieronde gespeeld. De twee winnaars treden vervolgens aan in een eindronde met de nummers 15 en 16 uit Eerste Klasse, FCV Dender EH en KSV Roeselare.
Datum
Uur
Wedstrijd
Uitslag
09/05/2009
20:00
Red Star Waasland - Lierse SK
1-1
09/05/2009
20:00
RFC Tournai - Antwerp FC
0-0
16/05/2009
20:00
Lierse SK - Red Star Waasland
3-2
16/05/2009
20:00
Antwerp FC - RFC Tournai
2-0
Op de voorlaatste speeldag van de eindronde verzekerde eersteklasser KSV Roeselare zich van de winst.
Normaal speelde enkel het nummer 16 de eindronde voor behoud, maar als tijdelijke overgangsmaatregel werd dit gespeeld door de teams die eindigden op plaatsen 15, 16 en 17: R. Olympic Club de Charleroi-Marchienne, R. Excelsior Virton en KFC Vigor Wuitens Hamme. Deze drie teams speelden een eindronde met een aantal derdeklassers en ging daar van start in de tweede ronde van die eindronde.
De officiële benamingen van deze competitie luidden achtereenvolgens Bevordering (van 1909 tot 1926), Eerste Afdeling (van 1926 tot 1952), Tweede Klasse (van 1952 tot 2016).