Het seizoen 1998/99 van de Belgische Tweede klasse ging van start op 19 augustus 1998 en de reguliere competitie eindigde op 9 mei 1998. KV Mechelen werd kampioen. KFC Verbroedering Geel promoveerde via de eindronde.
Naamswijzigingen
Gedegradeerde teams
Deze teams waren gedegradeerd uit de Eerste klasse voor de start van het seizoen:
Deze teams waren gepromoveerd uit de Derde klasse voor de start van het seizoen:
Deze teams promoveerden naar Eerste klasse op het eind van het seizoen:
Degraderende teams
Deze teams degradeerden naar Derde klasse op het eind van het seizoen:
Eindstand
P: wedstrijden gespeeld, W: wedstrijden gewonnen, G: gelijke spelen, V: wedstrijden verloren, +: gescoorde doelpunten, -: doelpunten tegen, DS: doelsaldo, Ptn: totaal punten K: kampioen en promotie, EP: eindronde voor promotie, ED: eindronde voor degradatie D: degradatie
Degradatie-eindronde
Het team dat 16de eindigde, KMSK Deinze , speelde een eindronde met een aantal derdeklassers en ging daar van start in de tweede ronde van die eindronde.
Referenties
De officiële benamingen van deze competitie luidden achtereenvolgens Bevordering (van 1909 tot 1926), Eerste Afdeling (van 1926 tot 1952), Tweede Klasse (van 1952 tot 2016).
In 2016 werd de Tweede Klasse opgeheven en vervangen door Eerste klasse B en Eerste klasse Amateurs .