Het seizoen 1989/90 van de BelgischeTweede klasse ging van start in september 1988 en de reguliere competitie eindigde in mei 1989. KFC Germinal Ekeren werd kampioen. KAA Gent promoveerde via de eindronde.
De officiële benamingen van deze competitie luidden achtereenvolgens Bevordering (van 1909 tot 1926), Eerste Afdeling (van 1926 tot 1952), Tweede Klasse (van 1952 tot 2016).