In de eerste ronde van de eindronde traden zes derdeklassers aan, die aan elkaar gepaard werden. De drie winnaars van elk heen- en terugduel gaan door naar de volgende ronde.
Datum
Wedstrijd
Uitslag
13/05/1999
UR Namur - KAS Eupen
1-2
13/05/1999
RAEC Mons - RRC Heirnis Gent
0-0
13/05/1999
FC Eendracht Hekelgem - Heusden SK
0-0
16/05/1999
KAS Eupen - UR Namur
3-0
16/05/1999
RrC Heirnis Gent - RAEC Mons
0-2
16/05/1999
K. Heusden SK - FC Eendracht Hekelgem
0-5
Ronde 2
In de tweede ronde wordt bij de drie winnaars van de eerste ronde KMSK Deinze, dat 16e eindigde in Tweede Klasse, gevoegd. De teams worden aan elkaar gepaard en de winnaars spelen een finale.
Datum
Wedstrijd
Uitslag
20/05/1999
KMSK Deinze - RAEC Mons
3-0
20/05/1999
FC Eendracht Hekelgem - KAS Eupen
2-2
23/05/1999
RAEC Mons - KMSK Deinze
0-1
23/05/1999
KAS Eupen - FC Eendracht Hekelgem
0-5
Finales
De twee winnaars van de tweede ronde spelen de finale. Hoewel FC Eendracht Hekelgem de finale verloor, mocht het toch promoveren omwille van een vrijgekomen plaats in Tweede Klasse als gevolg van een fusie tussen KFC Herentals en KFC Verbroedering Geel.
Datum
Wedstrijd
Uitslag
29/05/1999
FC Eendracht Hekelgem - KMSK Deinze
0-3
Voor de plaatsen 3 en 4 werd nog een wedstrijd gespeeld:
Datum
Wedstrijd
Uitslag
29/05/1999
RAEC Mons - KAS Eupen
1-2
Degradatie-eindronde
De twee teams die 14de eindigden, RRC Tournai en KFC Rita Berlaar, speelden een eindronde met een aantal vierdeklassers en gingen daar van start in de tweede ronde.