Dit schema toont de 16 langst overgebleven clubs en de wedstrijden vanaf de 1/8ste finales. De 1/8ste finales worden net als de voorgaande rondes in één wedstrijd beslist. De kwartfinales en halve finales worden gespeeld met een thuis- en uitwedstrijd; de scores van beide wedstrijden worden telkens weergeven. De finale wordt gespeeld in één wedstrijd op neutraal terrein.
Na de clubnaam wordt tussen haakjes in Romeinse cijfers weergeven in welke klasse de ploeg speelt. Een P. voor het cijfer betekent dat het om een provinciale klasse gaat. Bij de eersteklassers op het eind wordt het cijfer weggelaten.
In de Belgische provincies worden provinciale bekertoernooien georganiseerd door de Provinciale Comités. Aan deze toernooien nemen clubs uit de provinciale reeksen deel. Afhankelijk van de organisatie in de provincie worden de clubs die het verst raken in deze bekertoernooien geselecteerd voor de echte nationale Beker van België. Deze clubs worden dan vaak nog aangevuld met de best gerangschikte eersteprovincialers.
1ste ronde
In deze eerste ronde treden naast de clubs die zich kwalificeerden uit de provincies ook de vierdeklassers van het vorige seizoen aan (daartoe behoren dus ook de clubs die pas naar Derde Klasse promoveerden).
In deze ronde treden ook de overige tweedeklassers toe tot de bekercompetitie, samen met neo-eersteklasser RAEC Mons. Door het oneven aantal clubs is RUS Bercheux vrijgesteld en mag de ploeg meteen naar de vijfde ronde.
In de 1/16de finales worden de clubs uit Eerste Klasse bij de winnaars van de vorige ronde gevoegd voor 16 duels. Door de geleide loting komen geen eersteklassers tegen elkaar uit, met uitzondering van Lierse SK, dat vorig seizoen de eindronde speelde, en neo-eersteklasser RAEC Mons, die reeds eerder moest deelnemen (Bergen was bovendien al uitgeschakeld).
De finale vond plaats op 26 mei2007 in het Koning Boudewijnstadion. De winnaar van deze finale plaatste zich voor de UEFA Cup. Vooral voor Club Brugge maakte dit de bekerfinale nog belangrijker. Na een moeilijk seizoen in Eerste Klasse had Club Brugge voor het eerst sinds jaren geen Europees voetbal afgedwongen; Standard als derde in de competitie was daar wel al zeker van, ongeacht het resultaat van de bekerfinale. De finale werd door Club Brugge met 1-0 gewonnen. Standard slaagde er niet in na veertien jaar nog eens een prijs te winnen; Club Brugge mocht alsnog Europa in.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
