Het seizoen 1968/69 van de Beker van België in het voetbal startte met de 1e ronde in augustus 1968 en eindigde met de finale op 18 mei 1969 met de finale in het Heizelstadion in Brussel. De beker ging naar Lierse SK dat Racing White in de finale versloeg met 2-0. Voor Lierse was het de eerste bekerwinst.
Laatste 16
Dit schema toont het wedstrijdschema vanaf de 1/8e finale.
Alle rondes, behalve de halve finales, worden in één wedstrijd beslist. De halve finales worden gespeeld met een heen- en terugmatch; de scores van beide wedstrijden worden telkens weergeven. De finale wordt gespeeld in één wedstrijd op neutraal terrein.
Wedstrijden
Na de clubnaam wordt tussen haakjes in Romeinse cijfers weergeven in welke klasse de ploeg speelt. Een P. voor het cijfer betekent dat het om een provinciale klasse gaat. Bij de eersteklassers op het eind wordt het cijfer weggelaten.
In de Belgische provincies worden provinciale bekertoernoeien georganiseerd door de Provinciale Comités. Aan deze toernooien nemen clubs uit de provinciale reeksen deel. Afhankelijk van de organisatie in de provincie worden de clubs die het verst raken in deze bekertoernooien geselecteerd voor de echte nationale Beker van België. Deze clubs worden dan vaak nog aangevuld met de best gerangschikte eersteprovincialers.