Tot de vroege voetbalactiviteiten in Sint-Lenaarts hoorde onder meer het oprichten van een velo- en voetbalclub rond 1916, in het gehucht Eester. Reeds in 1917 ging de voetbalafdeling zijn eigen weg. Aanvankelijk speelde men vriendenmatchen, maar in de jaren '20 sloot de club aan bij de Belgische Voetbalbond en ging men in competitie spelen.
FC Sint-Lenaarts bleef de rest van de 20ste eeuw in de provinciale reeksen spelen.
Op 7 mei 1995 won Sint-Lenaarts voor de eerste maal in zijn bestaan de "Beker van Antwerpen" nadat het in de finale Nieuwmoer versloeg met 1-0. De wedstrijd werd gespeeld op het terrein van Wuustwezel. De 14 spelers die voor de 1-0 overwinning zorgden waren: Werner De Peuter, Hans Van Gelooven, Johan Geladi, Danny Van Den Eynde, Gert Braspenninckx, Danny Frans, Kris Fransen, Bart Verheyen, Marc Der Kinderen, Curt Melotte, Danny Maes, Tom Donckers, Gaston Van Camp en Ben Aerts. Trainer was Marc Janssens, hulptrainer Karel Van Hooydonck en afgevaardigde Frans Beckers.
In 2007 promoveerde de club uiteindelijk voor het eerst in zijn bestaan naar de nationale reeksen.
In het seizoen 2017/18 begon de B-ploeg in 4e provinciale.
.svg){kind=small}
