Istilah Kepulauan Melayu berasal dari konsep "Bangsa Melayu"[12], sebuah konsep berkaitan dengan bangsa yang dicadangkan oleh peneroka Eropah berdasarkan pemerhatian mereka terhadap pengaruh Empayar Srivijaya iaitu sebuah empayaretnik Melayu yang diasaskan di Sumatera.[13] Namun begitu, istilah ini tidak merangkumi semua pulau yang diduduki oleh penduduk luar Nusantara seperti Madagaskar dan Taiwan tetapi merangkumi juga pulau-pulau yang diduduki oleh orang Melanesia seperti Kepulauan Maluku dan New Guinea.
Ahli alamiah abad ke-19 Alfred Wallace menggunakan terma "Malay Archipelago" (Kepulauan Melayu) sebagai judul bukunya yang mendokumenkan kaji selidiknya di kawasan ini. Beliau juga merujuk kepada kawasan ini sebagai "Indian Archipelago" (Kepulauan Hindi) dan "Indo-Australia Archipelago" (Kepulauan Hindi-Australia).[14][15] Beliau memasukkan sekali Kepulauan Solomon dan Semenanjung Tanah Melayu disebabkan oleh persamaan fisiografik.[7] Seperti yang diperhatikan oleh Wallace,[16] terdapat hujah untuk tidak memasukkan sekali Papua New Guinea atas sebab kebudayaan dan geografi.
Kepulauan Melayu dipanggil "Hindia Timur" dari abad ke-16 dan seterusnya semasa zaman penjajahan Eropah.[17] Kadang kala, istilah ini masih digunakan untuk merujuk kepada Kepulauan Melayu[9] tetapi terma ini yang lebih umum merangkumi juga Indo-China dan Subbenua India.
Geografi
Luas daratan dan perairan Kepulauan Melayu melebihi 2 juta km2. Secara amnya, kepulauan ini terbahagi kepada 2 bahagian utama, iaitu:
Iklim di sepanjang kepulauan ini ialah Tropika kerana kedudukannya di Khatulistiwa. Kepulauan ini juga mempunyai beberapa gunung berapi paling aktif di dunia.
"If we draw a line ... commencing along the western coast of Gilolo, through the island of Bouru, and curving round the west end of Mores, then bending back by Sandalwood Island to take in Rotti, we shall divide the Archipelago into two portions, the races of which have strongly marked distinctive peculiarities. This line will separate the Malayan and all the Asiatic races, from the Papuans and all that inhabit the Pacific; and though along the line of junction intermigration and commixture have taken place, yet the division is on the whole almost as well defined and strongly contrasted, as is the corresponding zoological division of the Archipelago, into an Indo-Malayan and Austro-Malayan region."
^OED first editionA geographical term, including Hindostan, Further India, and the islands beyond with first found usage 1598