Pranas Markūnas pradžios mokyklą baigė Andrioniškyje. Šešerius metus lankė Panevėžio realinę mokyklą, o septintąją klasę baigė Balstogėje. 1898 m. baigė Sankt Peterburgo technologijos institutą. Iki 1919 m. Rusijos miestuose statė tiltus, kitus, daugiausia gelžbetoninius statinius. 1919 m. grįžęs į Lietuvą dirbo statybos inžinieriumi – projektavo ir statė gelžbetonio konstrukcijas. 1923–1941 m. dar ir Lietuvos universiteto (nuo 1930 m. Vytauto Didžiojo universitetas) dėstytojas, privatdocentas. 1945–1956 m. pramonės statybos projektavimo instituto konstruktorius.
P. Markūnas dirbo inžinieriumi Jenakijevo (Ukraina) „Petrovskije Zovadi“ gamykloje ištisą dešimtmetį, labai galimas dalykas, kad P. Vileišio paskatintas tuomet pradėjo domėtis gelžbetoniu bei tiltų projektavimu ir statyba. 1909 m. persikėlė į Saratovą, kuris garsėjo metalo apdirbimo, mašinų gamybos pramone ir kt. Čia P. Markūnas įsidarbino Grinhofo statybos bare inžinieriaus pareigoms ir atliko įvairius gelžbetonio darbus. P. Markūnas tuomet ėmėsi projektuoti tiltus ir ilgainiui tapo įžymiu gelžbetoninių konstrukcijų specialistu.
Tiesioginį inžinieriaus darbą P. Markūnas dirbo net penkiasdešimt septynerius metus. Tik sulaukęs 83 metų pasitraukė į pensiją. Bet ir toliau lankydavosi Projektavimo institute, konsultuodavo, domėjosi naujovėmis. Kai jam suėjo 90 metų, jį „Pramprojekto“ kolektyvas pripažino Garbės nariu, iškilmingai pagerbė. Mirė P. Markūnas 1964 m. kovo 17 dieną. Buvo dedama pastangų, kad P. Markūną palaidotų jo lėšomis pastatytos Andrioniškio bažnyčios šventoriuje, bet P. Markūną palaidojo Andrioniškio kapinėse, centrinėje kapinių vietoje ant kalnelio. „Pramprojekto“ kolektyvas pastatė jam paminklą. Akmeninis paminklas su metaline saulute, akmens plokštėje iškaltas Andrioniškio bažnyčios atvaizdas.
Projektai
Pirmiausia Lietuvoje gelžbetonis panaudotas 1887 m. Kauno VIII forto statyboje, kur betonas armuotas plieniniais bėgiais. Plieninė armatūra kiek vartota IX ir X fortų statybai. 1895 m. Kaune buvo pastatyta stačiatikių bažnyčia - soboras. Jo centrinis 16,35 m. skersmens kupolas yra gelžbetoninis. Įžymūs architektai ir inžinieriai statė nemažai statinių naudodami betoną ir gelžbetonines konstrukcijas, tačiau gelžbetonio naudojimo mastais jau Nepriklausomoje Lietuvoje visus pralenkė P. Markūnas. 1935–1938 m. suprojektavo pirmąją Lietuvoje Švenčiausiosios Jėzaus Širdies bažnyčiosKaune plonasienę gelžbetoninę kevalinę stogo konstrukciją. Kaip konstruktorius prisidėjo prie V. Landsbergio-Žemkalnio, K. Reisono ir kitų architektų projektų.