Įkurti valstybinio miško žemėse XVIII a. antroje pusėje.[2] 1821 m. buvo kaimas su 39 gyventojais,[3] 1854 m. Juodupėnuose buvo 22 gyvenamieji pastatai ir 75 gyventojai.[4] Iki 1818 m. priklausė Įsruties apskritiesLiepgalio domenų valsčiui, 1818–1945 m. – Pilkalnio apskričiai, buvo 1874 m. įsteigto Baltrušėlių valsčiaus kaimas.[5] Tikintieji iki 1853 m. priklausė Pilkalnio, vėliau – Rautenberkio evangelikų liuteronų parapijai. XIX a. Mažuosiuose Juodupėnuose susiformavo dvaro sodyba, tarpukariu kaime stovėjo du vėjo malūnai.
↑Alexander A. Mützell, Leopold Krug, Neues topographisch-statistisch-geographisches Wörterbuch des preussischen Staats, T. 2 (G–Ko), p. 260. Kümmel, Halle, 1821 (vok.)
↑ Eduard Messow, Topographisch-statistisches Handbuch des Preussischen Staats, T. 1 (A–K), p. 350. Baensch, Magdeburgas, 1854 (vok.)
↑Amtsbezirk Grüneichen, Territoriale Veränderungen in Deutschland und deutsch verwalteten Gebieten 1874–1945 (vok.). Nuoroda tikrinta 2021-09-07.
↑Landkreis Pillkallen,Gemeindeverzeichnis Deutschland 1900 (vok.). Nuoroda tikrinta 2021-09-07.